- Đối với thực khuẩn thể: Ứng dụng công nghệ sinh học đã nuôi cấy, phân lập và lựa chọn được các loài thực khuẩn thể đặc hiệu, đối kháng với nhiều loài vi khuẩn gây bệnh. Liệu pháp này đã được thử nghiệm và cho thấy hiệu quả tốt đối với một số bệnh vi khuẩn nguy hiểm trên cá chình, cá cam, cá hồi; bệnh trên tôm và nhuyễn thể. Sinh phẩm chứa thực khuẩn thể có thể được bổ sung qua đường cho ăn, tiêm, ngâm hoặc phun trực tiếp vào hệ thống nuôi.
- Đối với Enzyme kháng khuẩn: Công nghệ sinh học hiện đại đã được ứng dụng để tổng hợp được các enzyme kháng khuẩn phục vụ điều trị bệnh vi khuẩn. Một số loại enzyme kháng khuẩn được sử dụng như enzyme có nguồn gốc từ thực khuẩn thể: endolysins có tác dụng phân huỷ lớp peptidoglycan và polysaccharide depolymerases có tác dụng phân huỷ lớp polysaccharides ở thành tế bào vi khuẩn. Ngoài ra, còn sử dụng enzyme kháng khuẩn tổng hợp từ vi khuẩn và động vật. Các loại enzyme kháng khuẩn cũng có tính đặc hiệu cao với từng loài vi khuẩn gây bệnh mà không ảnh hưởng đến các loài vi khuẩn có lợi khác.