Dịch vụ là ngành kinh tế có đóng góp lớn đối với kinh tế Đồng bằng sông Cửu Long. Thương mại, du lịch là những ngành dịch vụ được ưu tiên phát triển mạnh.
- Thương mại: Tổng mức bán lẻ hàng hoá và doanh thu dịch vụ tiêu dùng của vùng ngày càng tăng, đạt 834,9 nghìn tỉ đồng (năm 2021). Hoạt động ngoại thương được đẩy mạnh với các mặt hàng xuất khẩu chủ yếu là nông sản; trong đó, gạo chiếm 90%, cá tra chiếm 100% và tôm chiếm 80% sản lượng xuất khẩu cả nước (năm 2021).
- Du lịch: Số lượng khách và tổng doanh thu du lịch của vùng tăng qua các năm. Các loại hình du lịch phát triển mạnh là: du lịch sinh thái (miệt vườn sông nước, đất ngập nước); du lịch biển, đảo,... Cần Thơ, Phú Quốc là những địa điểm thu hút nhiều du khách.