Diễn biến mặn trong khu vực khá phức tạp. Độ mặn lớn nhất thường xuất hiện chủ yếu vào tháng 4 hoặc tháng 5 do ảnh hưởng của thủy triều ở biển Đông, biển Tây hoặc cả hai. Ngoài ra, do lưu lượng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Công đổ về ít cũng là nhân tố chính ảnh hưởng đến tình hình xâm nhập mặn ở vùng cửa sông ven biển của ĐBSCL, trong đó thủy triều là nhân tố động lực, mang nước biển kèm theo độ mặn đi sâu vào nội đồng, trong khi lượng nước từ thượng lưu đổ về còn hạn chế. Bên cạnh đó, lượng mưa giảm, lượng nước bị bốc hơi cao cũng là những yếu tố ảnh hưởng đến quá trình xâm nhập mặn. Ngoài những yếu tố tự nhiên thì yếu tố con người cũng góp phần không nhỏ gây ra xâm nhập mặn như khai thác và sử dụng nước ngầm quá mức để đáp ứng nhu cầu phát triển, sản xuất và đời sống ở địa phương, thay đổi mục đích sử dụng đất cũng có ảnh hưởng nhất định đến tình hình xâm nhập mặn.
Xâm nhập mặn gây ra những hậu quả hết sức nặng nề, ảnh hưởng đến đời sống sinh hoạt, sản xuất của cả vùng ĐBSCL. Đặc biệt, cuối năm 2015 và những tháng đầu năm 2016, diễn biến xâm nhập mặn tại ĐBSCL được đánh giá nặng nề nhất trong 100 năm qua. Ngay từ tháng 2, độ mặn đã duy trì ở mức cao và nghiêm trọng. Trên sông Tiền và sông Hậu, độ mặn là trên 45‰, xâm nhập sâu tới 70 km tính từ cửa sông, thậm chí có nơi lên đến 85 km (trong khi theo Trung tâm phòng tránh và giảm nhẹ thiên tai thì độ mặn bằng 4‰ đã được coi là bị xâm nhập mặn).
Tính từ cuối năm 2015 đến nay, cả 13 địa phương thuộc ĐBSCL đều đã bị nhiễm mặn, trong đó đã có 11/13 tỉnh/thành công bố tình trạng thiên tai hạn hán, xâm nhập mặn là: Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, Kiên Giang, Cần Thơ, Hậu Giang, Ninh Thuận. Mặc dù đã có một số giải pháp được áp dụng để kiểm soát xâm nhập mặn ở địa phương như: Xây dựng hệ thống kênh rạch dẫn nước ở ĐBSCL (khoảng 5000 km kênh được đào khắp các tỉnh, 45 công trình thủy lợi với mục đích giảm thiểu lũ lụt và ngăn mặn); Các công trình ngăn mặn lớn tại ĐBSCL gồm hệ thống thủy nông Quản Lộ - Phụng Hiệp, hệ thống thủy lợi ngọt hóa và ngăn mặn ở tỉnh Bến Tre, cống đập Ba Lai và hệ thống đê biển cho toàn bộ hệ thống ven biển ĐBSCL, tuy nhiên, tình hình xâm nhập mặn vẫn diễn biến phức tạp. Ngày 07/3/2016, Bộ Ngoại giao đã có công hàm số 128/NG-ĐBA gửi Đại sứ quán nước Cộng hòa nhân dân Trung Hoa tại Việt Nam đề nghị phía Trung Quốc có biện pháp hỗ trợ gia tăng lưu lượng xả nước từ thủy điện Cảnh Hồng (Vân Nam) của Trung Quốc xuống Hạ lưu sông Mê Công để góp phần phòng, chống hạn hán, xâm nhập mặn, giảm bớt thiệt hại cho nhân dân Việt Nam tại khu vực ĐBSCL. Các cơ quan chức năng Trung Quốc đã triển khai kế hoạch xả nước khẩn cấp trong thời gian từ ngày 15/3/2016 đến 10/4/2016. Đầu tháng 4/2016, nguồn nước này đã về đến Việt Nam và phần nào đẩy vùng xâm nhập mặn ra biển. Tuy nhiên, đây không phải là giải pháp lâu dài và chủ động mà chỉ là giải pháp tình thế trước mắt.
Để hạn chế và ứng phó với tình trạng hạn hán, xâm nhập mặn trong tương lai, mỗi địa phương cần thực hiện những biện pháp phù hợp với điều kiện của mình. Tuy nhiên, ở tầm vĩ mô, cần tiến hành một số giải pháp chung như:
(1) Tăng cường quan trắc, giám sát, nâng cao năng lực dự báo mặn;
(2) Tăng cường hợp tác quốc tế với các nước trong Ủy hội Mê Công và Trung Quốc để cùng chia sẻ lợi ích chung trong việc phát triển và thịnh vượng chung của cả khu vực theo Hiệp định Mê Công 1995, ký kết song phương với từng quốc gia hay đa phương;
(3) Điều chỉnh quy hoạch tổng thể và sản xuất nông nghiệp cho khu vực, quy hoạch sản xuất nông nghiệp phải nằm trong quy hoạch tổng thể gồm phát triển công nghiệp, du lịch và nông nghiệp, gia tăng diện tích trồng lúa và số vụ lúa mỗi năm, nâng cao kỹ thuật thâm canh lúa nhằm làm tăng chất lượng nước ngọt, giảm phèn, nhiễm mặn, ô nhiễm phân bón, thuốc sát trùng, thuốc diệt cỏ, đồng thời sử dụng hợp lý nguồn nước phù hợp với phát triển kinh tế, môi trường và tập quán ở địa phương;
(4) Lựa chọn cây trồng vật nuôi thích nghi với điều kiện khô hạn và môi trường nước mặn, nước lợ. Việc nghiên cứu tiến hành các biện pháp bền vững lâu dài cho phát triển kinh tế địa phương, cần phải từng bước lựa chọn và lai tạo các giống cây trồng, vật nuôi có thể tồn tại và phát triển trong môi trường khô hạn, nước mặn và nước lợ;
(5) Kiện toàn hệ thống đê và thành lập nhiều khu tứ giác là một trong những ưu tiên chính. Thành lập các khu vực bảo vệ trước lũ, xâm nhập mặn nhằm chủ động trong việc dẫn nước lũ vào cải tạo đồng ruộng và phục vụ nuôi trồng thủy sản là rất quan trọng nhằm đảm bảo đời sống sản xuất của người dân, tạo ra các vùng đất an toàn đối với lũ và xâm nhập mặn, đồng thời chủ động kiểm soát nguồn nước phục vụ cho sản xuất nông nghiệp và công nghiệp hóa nông thôn;
(6) Xây dựng đập ngầm, đây là giải pháp mang tính tham khảo đối với Việt Nam, giải pháp này đã được áp dụng tại Hoa Kỳ. Khi nước mặn có tỉ trọng lớn hơn nước ngọt nên nước mặn sẽ nằm bên dưới nước ngọt tạo thành nêm mặn. Hình dáng nêm mặn thay đổi theo lưu lượng nước chảy. Việc xây dựng các đập ngầm vừa có tác dụng ngăn mặn, vừa không ảnh hưởng để sự di chuyển của tàu bè. Hiện nay, trên sông Tiền, chỉ cần 2 đập ngầm trên sông Cổ Chiên và sông Mỹ Tho;
(7) Xây dựng và hoàn thiện hệ thống công trình giữ nước ngọt trong đồng bằng. Hiện nay nhiều vùng trong Đồng Tháp Mười, Tứ giác Long Xuyên và vùng Duyên Hải đang thiếu nước ngọt do nước sông thiếu, kênh bị nhiễm mặn hoặc nhiễm phèn. Trước tình hình này đòi hỏi phải xây dựng và hoàn thiện hệ thống công trình giữ nước ngọt cho toàn đồng bằng bao gồm: thiết lập hệ thống cống đầu kênh, nạo vét các sông, kênh và rạch, xây dựng hồ chứa nước và tận dụng nguồn nước mưa;
(8) Xây dựng hệ thống đê biển, đê sông, đây là dự án lâu dài, bền vững dọc theo biển Đông và biển Tây để ứng phó với mực nước biển dâng cao. Dự án bao gồm xây dựng đê bằng đất có bề mặt rộng vừa làm đường giao thông, hai bên bờ đê trồng cỏ Vetiver để chống xói mòn do gió và sóng biển, phía biển trồng rừng ngập mặn để ngăn sóng và tạo bồi lắng phù sa;
(9) Quản lý tổng hợp tài nguyên nước. Đây là một trong những biện pháp tích cực và hiệu quả nhất để quản lý nguồn nước ngọt, gián tiếp đẩy lùi tình trạng xâm nhập mặn. Để thực hiện giải pháp này cần theo 4 nguyên tắc của Dublin, được đưa ra tại Hội nghị Nước và Môi trường năm 1992.
Nếu theo dự báo của một số nhà khoa học và Ủy ban liên chính phủ về biến đổi khí hậu (IPCC), đến năm 2050, mực nước biển sẽ dâng cao 2 m so với hiện nay thì các vùng đất thấp ven biển như bãi cạn san hô, ốc đảo san hô sẽ có nguy cơ bị ngập và khả năng xâm nhập mặn của nước biển vào lục địa là một xu thế ở vùng ven biển.
ĐBSCL có vai trò vô cùng quan trọng đối với an ninh lương thực quốc gia. Dân số và kinh tế vùng ven biển ĐBSCL lại chiếm một vị trí trọng yếu cho quá trình phát triển của cả đồng bằng này. Do vậy, bất kỳ một tác động bất lợi nào làm mất ổn định cho vùng này, mà điển hình hơn cả là xâm nhập mặn ngày càng sâu, cần phải được xem xét và kiểm soát.
