Vi khuẩn là những sinh vật đơn bào rất nhỏ có cấu trúc và hoạt động đơn giản hơn nhiều so với các tế bào khác. Mỗi loại vi khuẩn có hình dạng và kích thước nhất định. Với các phương pháp nhuộm soi thông thường có thể xác định được hình thể và kích thước của vi khuẩn. Khi xác định vi khuẩn, hình thể là tiêu chuẩn quan trọng đầu tiên. Kích thước của vi khuẩn được đo bằng đơn vị micromet (1mm = 1/1000mm). Tùy theo từng loại vi khuẩn mà có kích thước khác nhau.