Thực phẩm từ khi sản xuất đến khi sử dụng có nhiều nguyên nhân gây nên nhiễm trùng và nhiễm độc như: dư thừa lượng thuốc trừ sâu và hóa chất trong sản xuất, chế biến và bảo quản lương thực, thực phẩm... Tất cả các công đoạn quy trình sản xuất đều có nhiều kẻ hở để vi khuẩn gây độc xâm nhập vào.