Nội dung lý thuyết
- Hoá thạch là dấu vết của các sinh vật cổ đại được bảo tồn trong các lớp đất đá, hổ phách hoặc các lớp băng tuyết.

- Hoá thạch đá được hình thành khi xác sinh vật, một bộ phận cơ thể sinh vật hoặc dấu vết của chúng bị các lớp trầm tích bao bọc, sau đó chất hữu cơ bị phân huỷ tạo thành một “khuôn rỗng” calcium và các khoáng chất khác thấm vào lấp đầy dần thay thế chất hữu cơ và cứng lại tương tự đá.
- Hoá thạch là những bằng chứng trực tiếp về lịch sử phát triển của sinh giới, cho thấy các loài đã từng tồn tại và tiến hoá như thế nào theo thời gian.
- Các nhà khoa học có thể xác định được tuổi của các hoá thạch thông qua lượng đồng vị phóng xạ trong hoá thạch hoặc đá bao quanh hoá thạch và qua đó biết được lịch sử xuất hiện của các loài, cũng như một số dạng sống trung gian chuyển tiếp giữa các nhánh sinh vật đã từng tồn tại trong quá khứ.
- Các cơ quan ở những loài hoặc các nhóm phân loại khác nhau có thể thực hiện những chức năng rất khác nhau, nhưng có cùng nguồn gốc trong lịch sử tiến hoá được gọi là cơ quan tương đồng.
- Cấu trúc và vị trí chi trước của các loài động vật ở hình dưới giống nhau mặc dù được biến đổi để thực hiện những chức năng khác nhau.
- Các cấu trúc tương đồng phản ánh mối quan hệ tiến hoá về nguồn gốc chung giữa các nhóm sinh vật.

- Cơ quan thoái hoá là những cơ quan phát triển không đầy đủ ở cơ thể trưởng thành.
- Cơ quan thoái hoá cũng là cơ quan tương đồng vì được bắt nguồn từ một cơ quan ở một loài tổ tiên nhưng không còn chức năng hoặc chức năng bị tiêu giảm, chỉ để lại vết tích.
- Ví dụ: Ruột thừa là cơ quan thoái hoá ở người, ruột thừa là vết tích của ruột tịt ở động vật ăn cỏ.

- Trường hợp cơ quan thoái hoá phát triển mạnh và biểu hiện ở một cá thể nào đó gọi là hiện tượng lại tổ ví dụ như trường hợp người có nhiều lông ở mặt.

- Học thuyết tế bào ra đời vào khoảng thế kỉ XIX – XX, khẳng định rằng:
+ tất cả các sinh vật đều được cấu tạo từ một hoặc nhiều tế bào;
+ tế bào được sinh ra từ tế bào có trước và các tế bào đều được cấu tạo từ những thành phần hoá học tương tự nhau.
- Các hình thức sinh sản và lớn lên của cơ thể đa bào đều liên quan đến sự phân bào: quá trình nguyên phân và giảm phân tạo giao tử.
- Tế bào nhân sơ và tế bào nhân thực đều có các thành phần cơ bản: màng sinh chất, tế bào chất và nhân/vùng nhân.
- Thành phần hoá học của tế bào về cơ bản là giống nhau, mọi tế bào đều có DNA, RNA, protein và các phân tử sinh học khác.
- Các loài sinh vật đều có vật chất di truyền là DNA (trừ một số virus có vật chất di truyền là RNA).
- Sự giống và khác nhau nhiều hay ít về thành phần, số lượng và đặc biệt là trình tự sắp xếp của các nucleotide phản ánh mức độ quan hệ họ hàng giữa các loài.
- Mã di truyền về cơ bản giống nhau ở mọi sinh vật. Điều này chứng minh các loài sinh vật có nguồn gốc chung.
- Protein của các loài đều được cấu tạo từ 20 loại amino acid. Mỗi loại protein của loài đặc trưng bởi thành phần, số lượng và trật tự sắp xếp của các loại amino acid.
- Quan hệ họ hàng của các loài cũng được phản ánh thông qua các yếu tố đặc trưng của phân tử protein.

- Bằng chứng phân tử giúp làm sáng tỏ mối quan hệ tiến hoá giữa các loài sinh vật. Các loài có trình tự, tỉ lệ các nucleotide, amino acid càng giống nhau càng có nguồn gốc họ hàng gần gũi nhau và ngược lại.