Vì mọi quyền lực đều tập trung vào tay vua, vua trực tiếp điều hành các việc từ trung ương đến địa phương, trực tiếp làm tổng chỉ huy quân đội.
Một công việc thiết yếu mà các vua thời Lê sơ đều quan tâm và cố gắng thực hiện là kiện toàn bộ máy nhà nước quân chủ tập trung, mang tính quan liêu chuyên chế. Đến thời Lê Thánh Tông (1460 - 1497), nó đạt tới đỉnh cao, trở thành một nhà nước toàn trị, cực quyền. Đây là một bước ngoặt lịch sử, một sự chuyển đổi mô hình, từ nền quân chủ quý tộc thời Lý - Trần mang đậm tính Phật giáo màu sắc Đông Nam Á sang một nền quân chủ quan liêu Nho giáo Đông Á.
Trong thiết chế quân chủ tuyệt đối thời Lê sơ, vai trò của nhà vua đã được đẩy lên rất cao với chủ nghĩa "tôn quân". Theo đó, nhà vua là "con Trời". Người giữ mệnh Trời, thay Trời trị dân ; các ấn tín của vua đều khắc chữ "Thuận thiên thừa vận", "Đại thiên hành hóa". Điện Kính Thiên được xây trong Hoàng thành Thăng Long. Hoàng đế là người chủ tế duy nhất trong các buổi tế lễ (tế Trời, tế Tôn miếu, tế Khổng Tử), là Tổng chỉ huy quân đội (Lê Thánh Tông đích thân cầm quân đi đánh Champa). Thời Lê Thánh Tông, chức Tướng quốc (Tể tướng) đầu triều và một số chức danh đại thần khác đã bị bãi bỏ. Hoàng đế trực tiếp điều khiển triều đình. Quyền lực của các quý tộc tôn thất cũng bị hạn chế, không được lập quân vương hầu, phủ đệ, Lê Thánh Tông bỏ lệ ban Quốc tính. Thời Lê sơ, một số công thần có uy tín và quyền lực cao đã bị nghi kỵ và lần lượt bị giết hại, như Trần Nguyên Hãn, Phạm Văn Xảo, Lê Khả, Lê Sát, Lưu Nhân Chú và Nguyễn Trãi.
Bộ máy quan liêu hành chính và chuyên môn cũng được kiện toàn từng bước. Năm 1471 , Lê Thánh Tông đã tiến hành một đợt cải cách hành chính lớn (dụ Hiệu định quan chế) nhằm tăng cường sự kiểm soát chỉ đạo của Hoàng đế đối với các triều thần, tăng cường sự ràng buộc, kiểm soát lẫn nhau trong giới quan liêu, tăng cường tính hiệu lực và hiệu quả của bộ máy quan lại.
