Sau khi sát nhập phần lãnh thổ của Thái Đức Hoàng Đế Nguyễn Văn Nhạc vào triều đình Phú Xuân, quân Tây Sơn tích cực nam tiến. Nhưng sự biến Thiền Lâm xảy ra khiến nội bộ tướng lĩnh Tây Sơn nghi kỵ nhau. Tận dụng thời cơ, quân Nam triều tích cực tấn công nhằm mở rộng quyền kiểm soát.
Bên phía Tây Sơn, do chưa đủ điều kiện tiếp tục tấn công vào nam, đã tổ chức phòng thủ. Toàn bộ nước chia làm nhiều vùng với các trung tâm lớn là kinh đô Phú Xuân ở giữa, Bắc Thành (Thăng Long cũ) và Nghệ An ở phía bắc, thành Hoàng Đế phủ Quy Nhơn ở cực nam. Trong đó thành Hoàng Đế là trung tâm quân sự lớn, chống chọi với quân Nam triều, làm bình phong che chở cho các phủ Quảng Ngãi và dinh Quảng Nam. Phủ Phú Yên là phên dậu tiếp giáp với thành Diên Khánh, một trung tâm quân sự của chúa Nguyễn.
Để tiến đánh Tây Sơn chiếm các phủ Phú Yên, Quy Nhơn và Quảng Ngãi, quân Nam triều buộc phải chiếm được hai vị trí phòng thủ quan trong là cửa khẩu Thị Nại và thành Hoàng Đế. Nếu cửa khẩu Thị Nại có vai trò quan trọng trong thủy chiến thì thành Hoàng Đế có vai trò tối quan trọng trong bộ chiến. Nếu không hạ được thành, quân Tây Sơn từ Quảng Nam vào tiếp viện, găp lức ngược gió thủy quân không phát huy được tác dụng, quân Nam triều sẽ phải lui binh.
