Một số ví dụ cho thấy phần mềm mô phỏng được ứng dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực:
- Trong giáo dục: Phần mềm Solar System mô phỏng hệ mặt trời; Virtual Chemistry Lab thí nghiệm ảo hóa học; Virtual Physics Lab Thí nghiệm ảo Vật lí; Phần mềm mô phỏng thi bằng lái xe ô tô; Phần mềm Anatony giúp tìm hiểu, nghiên cứu về cơ thể người thông qua mô phỏng trực quan. Trang web phet.colorado.edu có các ứng dụng mô phỏng trực quan, sinh động về khoa học tự nhiên và toán học.
- Trong Y học: Phần mềm 3D Clicer phân tích hình ảnh y học; Simcyp tính toán tác động của thuốc trên cơ thể người; OpenSim mô phỏng chuyển động của cơ bắp và khung xương.
- Trong kĩ thuật: Phần mềm LTS mô phỏng mạch điện tử; ANSYS mô phỏng kết cấu; SolidWorks mô phỏng thiết kế kĩ thuật…