Shinichi là con của Kudo Yusaku và Kudo Yukiko, một nhà tiểu thuyết gia trinh thám và một cựu diễn viên điện ảnh nổi tiếng. Kudo Shinichi sinh ngày 4 tháng 5,nhưng hàng năm luôn quên ngày sinh nhật của mình. Cậu là một thiên tài thám tử và ngay khi còn nhỏ đã có trực giác và khả năng quan sát rất tốt, cậu có những suy luận sắc sảo, hơn cả thần tượng của cậu là Sherlock Holmes. Thêm nữa, cha cậu thường tạo ra các ô chữ và trò chơi để đầu óc cậu càng nhạy bén hơn khi lớn lên.
Nhờ sự ảnh hưởng của bố, và môi trường tự lập ở nhà, từ lâu Shinichi đã là một người luôn đọc sách liên miên, đặc biệt là tiểu thuyết trinh thám - cậu đã đọc xong toàn bộ tiểu thuyết trinh thám ở thư viện trường tiểu học trong những năm học tiểu học và số lượng sách khổng lồ ở nhà. Cha cậu bắt đầu đưa Shinichi tới hiện trường vụ án khi cậu mới học lớp 1, khiến cho cậu yêu thích việc điều tra vụ án.
Kudo Yukiko từng là một nữ diễn viên nổi tiếng đã từ bỏ sự nghiệp ở tuổi 20 để lấy Yusaku, người phụ nữ này chính là mẹ của Shinichi. Đối lập hoàn toàn với tuổi tác, Kudo Yukiko có tính cách giống một thiếu nữ ngang ngạnh, kiêu sa, hay dỗi, tính rất trẻ con và thường lái xe quá tốc độ nhưng lại rất quan tâm, yêu thương chồng con. Đặc biệt, bà rất ghét bị người khác gọi là "bà cô" nên luôn bắt đứa con trai Conan phải gọi mình là chị. Mà phải công nhận là "bà chị" này đúng là "gái một con trông mòn con mắt" thật.
Cuộc đời của Shinichi từ 6 đến 17 tuổi không được ghi chép lại nhiều. Mẹ Shinichi không có cách nuôi dạy con cái tích cực lắm. Kogoro từng bình luận rằng Yukiko nuôi lớn Shinichi theo cái kiểu không can thiệp. Nói cách khác, nếu khen thì khen quá lố còn nếu phạt thì phạt không ra gì – Yukiko vặn tai Shinichi khi biết thằng bé nói dối mình, ông Yusaku lập tức ngăn cản. Tác giả chỉ tiết lộ vài cảnh ngắn về tuổi thơ của Shinichi nhưng người đọc cũng kịp nhận ra cậu bé luôn có vẻ lớn trước tuổi, cụ thể vẻ mặt của cậu ta thường xuyên mang đậm nét buồn chán trừ lúc trong thư viện buổi đêm khi có người lạ mặt đột ngột phóng dao cái bộp tới – một thứ gì đó thú vị xảy ra mới khiến Shinichi chú ý được. Sự thiếu vắng bàn tay giáo dục và nuôi dạy nghiêm túc của phụ huynh đã thôi thúc Shinichi trưởng thành sớm về mặt tinh thần và trí tuệ hơn hẳn những đứa trẻ khác. Khi học ở trường cấp 2, cậu bắt đầu là trung vệ cho đội bóng đá của trường. Shinichi luôn nói tốt về cha mẹ của mình, tuy vậy cả hai người này có vẻ như đều không phải là đối tượng thân thiết đầu tiên trong đời cậu, chuyện này hoàn toàn có thể hiểu được với cách sống nhàn hạ rong chơi của hai ông bà này. Có lẽ Shinichi ra đời quá sớm trong khi ba mẹ cậu vẫn đang quen với lối sống sôi động và phù hoa trong xã hội. Yukiko lúc đó chỉ 21 tuổi và mới giải nghệ khỏi làng điện ảnh đúng 1 năm về trước, cùng lúc đó sự nghiệp tiểu thuyết gia trinh thám của Yuusaku đang lên như diều gặp gió. Nói cách khác, họ vẫn còn quyến luyến với đời sống vương giả và sôi nổi với những mối quan hệ và rất khó để từ bỏ tất cả vì Shinichi. Khi Yukiko nói tới chuyện ''ba mẹ đã bỏ lại cuộc sống đầy sắc màu ở Hoa Kỳ để sống ở Nhật và nuôi dạy con'', họ không lâu sau đó đã thay đổi quyết định bằng cách chuyển đến Mỹ khi cậu 14 tuổi để đeo đuổi sự nghiệp của họ, để Shinichi ở lại Tokyo. Shinichi gần như không suy tính đến lần thứ hai về quyết định ở lại Nhật và sống một mình, để cha mẹ cùng nhau quay lại Mỹ, thậm chí khi họ quay lại Nhật đề nghị mang Conan qua đó, cậu vẫn từ chối thẳng thừng; còn cái lần cậu qua Mỹ thăm cha mẹ, cậu mang Ran đi theo. Khi là Conan, cậu nói là đã học được rất nhiều kĩ năng trong các chuyến đi nghỉ với cha mẹ ở Hawaii, bao gồm bắn súng, lái máy bay và lái chiếc Ford Mustang.
Ở phần đầu của truyện, Shinichi là một học sinh 17 tuổi ở trường Trung học Teitan. Cậu là một thám tử nổi tiếng đã giải rất nhiều vụ án, và được biết tới như "vị cứu tinh của sở cảnh sát Nhật Bản". Cũng trong năm đó, cậu rời bỏ câu lạc bộ bóng đá, nhưng thậm chí Ran cũng cho rằng tài năng bóng đá của cậu ở tầm quốc gia. Shinichi nói rằng cậu muốn chơi vì cậu coi bóng đá như một cách để rèn luyện khả năng suy nghĩ, giống thần tượng của cậu, Sherlock Holmes cũng tập đánh kiếm để giúp cho kĩ năng thám tử của ông. Shinichi có một khát khao là trở thành một Sherlock Holmes của Nhật Bản.
Dù chưa bao giờ có thể hát được một bài hát cho ra hồn, Shinichi có thể nhận biết ngay nốt nhạc khi chỉ nghe một lần nhờ khả năng thẩm âm hoàn hảo của mình. Ngoài ra, cậu còn quan tâm đặc biệt đến vĩ cầm (violin) và chơi khá giỏi nhạc cụ này. Nhờ những lợi thế này, trong rất nhiều vụ án, Shinichi có thể giải quyết và tìm ra chân tướng một cách dễ dàng (Sherlock Holmes cũng chơi rất giỏi violin). Đối với bất cứ ai, nghệ thuật chính là nơi nuôi dưỡng tâm hồn, là thứ giúp giải tỏa tâm lý, đồng thời giúp trí óc suy luận tuyệt vời hơn. Điều này lại càng quan trọng với Shinichi-một người luôn phải ở giữa muôn vàn hiểm nguy, chỉ một sơ suất nhỏ có thể ảnh hưởng đến tính mạng.
Cậu có 1 cô bạn thân là Mori Ran. Shinichi không dám biểu lộ tình cảm với cô, đồng thời mỗi lần cậu quyết định làm chuyện đó thì đều gặp phải sự cố. Điển hình như ở tập 26, Shinichi đã mời Ran đi ăn tối tại 1 nhà hàng sang trọng và có ý định thổ lộ tình cảm của mình cho Ran biết tại đúng chỗ bố Shinichi cầu hôn mẹ cậu cách đó 20 năm trước. Tuy nhiên không có đủ thời gian do phải đi giải quyết một vụ án, Shinichi đã bị teo nhỏ lại, chưa kịp nói với Ran. Và điều này khiến Ran đã rất buồn vì Shinichi lại bỏ đi. Nhưng trong tập 71 - 72 (tập 616-621 trong anime), cuối cùng cậu cũng đã thổ lộ được tình cảm của mình (trong vụ nữ hoàng quần vợt Minerva Glass bị gửi thư đe dọa ở London) trong hình dạng của Shinichi, khi Ran giận đến phát khóc vì phải chờ đợi mà cậu chưa bao giờ hiểu được tình cảm của cô: "Làm sao có thể hiểu chính xác... trái tim người con gái mình yêu chứ!". Trong chương 1004-1005 (tập 928 trong anime), Ran đã đáp trả lại bằng nụ hôn lên má Shinichi và từ đó hai người chính thức hẹn hò.
