Có 6 cơ quan chuyên trách: Lại, lễ, hộ, binh, hình, công.
+ Bộ Lại (Bộ Nội vụ) hoặc Lại bộ là bộ giữ việc quan tước, phong tước, ân ban thuyên chuyển, lựa chọn, xét công, bãi truất và thăng thưởng, bổ sung quan lại, cung cấp người cho các nha môn. Đứng đầu Bộ Lại là Thượng thư bộ Lại (Lại bộ Thượng thư).
+ Bộ Lễ giữ việc lễ nghi, tế tự, khánh tiết, yến tiệc, trường học, thi cử, áo mũ, ấn tín, phù hiệu, chương tấu, biểu văn, sứ thần cống nạp, các quan chầu mừng, tư thiên giám, thuốc thang, bói toán, tăng lục, đạo lục, giáo phường, đồng văn nhã nhạc. Bộ này trông coi việc tổ chức và kiểm soát vấn đề thi cử (thi Nho học khoa cử) chọn người tài ra giúp triều đình. Bộ này tương đương với bộ Học thời cận đại và Bộ giáo dục và đào tạo và Bộ Ngoại giao ngày nay.
+ Bộ Hộ thời Lê giữ việc ruộng đất, nhân khẩu, kho tàng, thu phát, bổng lộc, đồ cống nạp, thuế khoá, muối và sắt. Bộ Hộ thời Nguyễn giữ chính sách điền thổ, hộ khẩu, tiền thóc, điều hòa nguồn của cải nhà nước, ngoài ra bộ Hộ còn được xem là bộ Tài chính.
+ Bộ Binh giữ việc binh nhung, quân cấm vệ, xe ngựa, đồ nghí trượng, khí giới, giữ việc biên giới, lính thú, nhà trạm, phố xá, nơi hiểm yếu, việc khẩn cấp, tuyển dụng chức võ, tương đương với bộ Quốc phòng.
+ Bộ Hình giữ việc luật lệnh, hình phạt án tù, ngục tụng và xét xử người phạm tội ngũ hình, tương đương với Bộ Tư pháp.
+ Bộ Công coi việc xây dựng thành hào, cầu cống đường sá, việc thổ mộc, thợ thuyền, tu sửa xây dựng, thi hành lệnh cấm về núi rừng, vườn tược và sông ngòi. Có thể xem là tương đương với bộ Giao thông Vận tải và bộ Xây dựng ngày nay.
