| Giai đoạn | Lãnh đạo | Diễn biến |
| Giai đoạn thứ nhất, từ 1884 - 1892: |
Nhiều thủ lĩnh khác nhau, thủ lĩnh có uy tín nhất lúc đó là Đề Nắm. |
Tại vùng Yên Thế có hàng chục toán quân chống Pháp hoạt động riêng lẻ,
- Năm 1891, nghĩa quân của Đề Nắm làm chủ một vùng rộng lớn và mở rộng hoạt động sang Phủ Lạng Thương (vùng thành phố Bắc Giang ngày nay). - Tháng 3-1892, Pháp huy động quân, ồ ạt tấn công vào căn cứ của nghĩa quân. Lực lượng nghĩa quân bị tổn thất nặng, nhiều người bị địch bắt và giết hại, một số phải ra hàng. |
| * Giai đoạn thứ hai, từ 1893 - 1897: |
Sau khi Đề Nắm hi sinh, Hoàng Hoa Thám (Đề Thám) tiếp tục cuộc khởi nghĩa |
- Trong bối cảnh khó khăn, Đề Thám phải giảng hòa với Pháp để có thời gian củng cố lực lượng. - Tháng 10-1894, theo thỏa thuận giữa hai bên, quân Pháp rút khỏi Yên Thế, Đề Thám được cai quản bốn tổng: Yên Lễ, Mục Sơn, Nhã Nam, Hữu Thượng. Nhưng sau đó Pháp bội ước, tổ chức tấn công lại (11-1895). Nghĩa quân phải chia nhỏ thành từng toán, trà trộn vào dân để hoạt động. - Nhằm bảo toàn lực lượng, Đề Thám xin giảng hòa lần thứ hai (12-1897). Bề ngoài, Đề Thám tỏ ra phục tùng, nhưng bên trong thì ngấm ngầm chuẩn bị lực lượng chống Pháp. |
| * Giai đoạn thứ ba từ 1898 - 1908: |
Đề Thám |
- Tranh thủ thời gian hòa hoãn, Đề Thám cho nghĩa quân vừa sản xuất, vừa tích cực luyện tập quân sự chuẩn bị chiến đấu. - Căn cứ Yên Thế trở thành nơi tụ hội của những nghĩa sĩ yêu nước từ khắp nơi kéo về (từ Hà Tĩnh, Nghệ An, Thanh Hóa, Hưng Yên, Hải Dương…) |
| * Giai đoạn thứ tư từ 1909 - 1913: | Đề Thám | - Nội năm 1908, thực dân Pháp mở cuộc tấn công nhằm tiêu diệt bằng được phong trào nông dân Yên Thế. - Tháng 2-1913, khi Đề Thám bị sát hại, phong trào tan rã. |
Khi thực dân Pháp chiếm Bắc Ninh tháng 3/1884, Hoàng Hoa Thám ra nhập nghĩa binh của Lương Văn Nắm tức Đề Nắm. Tháng 4/1892, Đề Nắm bị Đề Sặt sát hại, Hoàng Hoa Thám trở thành thủ lĩnh tối cao của phong trào Yên Thế.
Qua 10 năm chiến đấu với nghĩa quân Yên Thế từ năm 1884 – 1894, quân Pháp xâm lược phải gánh nhiều thiệt hại nặng nề. Tiêu biểu là các trận đánh ở Thung Lũng, Hố Chuối năm 1890 và Đồng Hom năm 1892.
Ngày 29/1/1909, Thống sứ Bắc Kỳ đã huy động 15.000 quân chính quy và khố xanh, 400 lính dõng là lực lượng lớn nhất lúc đó, do đại tá Ba Tay và đại thần Lê Hoan mở cuộc tổng tấn công vào căn cứ Yên Thế. Cuộc chiến đấu không cân sức này đã làm cho nghĩa quân tổn thất nặng nề.
Đến ngày 10/2/1913, Hoàng Hoa Thám bị giặc sát hại. Cuộc khởi nghĩa tuy bị dập tắt song đã để lại một trang sử hào hùng về truyền thống, chống giặc ngoại xâm của dân tộc ta, đóng góp nhiều kinh nghiệm quý vào kho tàng lịch sử quân sự Việt Nam. Đặc biệt là những nét độc đáo về chiến tranh du kích về xây dựng lực lượng, căn cứ làng xã chiến đấu liên hoàn trên một địa bàn rộng khắp.
Cuộc khởi nghĩa Yên Thế do người anh hùng áo vải Hoàng Hoa Thám lãnh đạo là cuộc khởi nghĩa nông dân kéo dài nhất trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp. Đây cũng là minh chứng đầy thuyết phục về sức mạnh tiềm tàng của người nông dân đất Việt.
