Nội dung lý thuyết
Các hoạt động của con người như sản xuất công nghiệp, nông nghiệp, sinh hoạt hằng ngày và hoạt động của tự nhiên như cháy rừng, núi lửa là những nguyên nhân dẫn đến ô nhiễm đất. Các chất gây ô nhiễm đất chủ yếu là các kim loại nặng hoặc các hợp chất hữu cơ khó phân huỷ như benzene, methylbenzene, ethylbenzene, xylene hoặc các hợp chất hydrocarbon thơm đa vòng polyaromatic hydrocarbon (PAH). Các hợp chất này có nhiều trong dầu mỏ, thuốc nhuộm.
Trong các sự cố dầu tràn trên biển, dầu dạt vào đất liền làm đất ven biển nhiễm dầu là hiện tượng thường gặp. Sự có mặt của các chất ô nhiễm làm thay đổi tính màu mỡ của đất, cấu trúc đất, đặc điểm của môi trường dẫn đến thay đổi hệ động vật, thực vật; phá huỷ hệ sinh thái nông nghiệp; thay đổi hệ sinh thái đất. Tuy nhiên, trong điều kiện đất bị ô nhiễm, một số vi sinh vật có khả năng làm giảm mức độ độc hại của chất gây ô nhiễm lên cơ thể của chúng; một số khác lại có khả năng chuyển hoá trạng thái, kết tủa kim loại nặng; một số khác có khả năng sử dụng PAH làm nguồn cung cấp carbon và năng lượng cho sinh trưởng và sinh sản của chúng. Việc sử dụng các vi sinh vật để làm sạch mỗi trường được gọi là xử lí sinh học. Các vi sinh vật được sử dụng trong xử lí ô nhiễm môi trường đất có thể là vi khuẩn, vi nấm hoặc Archaea. Một số vi sinh vật đã được nghiên cứu có khả năng phân huỷ PAH như vi khuẩn Micrococcus leutus, Corynebacterium glutamicum, Bacillus megaterium, Pseudomonas aeruginosa, Cycloclasticus pugetii, Paenibacillus validus, Cladophialophora immunda. Thuốc trừ cỏ Atrazine bị phân huỷ bởi vi khuẩn Agrobacterium radiobacter là một trong những ví dụ điển hình. Nhiều vi sinh vật có khả năng kết hợp chặt chẽ với thực vật tạo thành tổ hợp xử lí ô nhiễm môi trường đất hiệu quả hơn.
Để làm sạch môi trường đất bị ô nhiễm, có thể xử lí tại chỗ hoặc mang đất đến nơi xử lí. Tuy nhiên, trong điều kiện môi trường đất bị ô nhiễm trên diện rộng, việc xử lí tại chỗ là cần thiết và phù hợp. Quá trình xử lí ô nhiễm môi trường đất theo phương pháp sinh học:

Khi bị ô nhiễm hữu cơ (như PAH), lượng carbon trong môi trường đất ô nhiễm cao hơn rất nhiều so với các nguyên tố cần thiết khác như Nhoặc P. Các vi sinh vật bản địa có khả năng sinh trưởng và sinh sản, làm sạch môi trường, tạo tiền đề cho các sinh vật khác cư trú. Tuy nhiên, quá trình này diễn ra trong tự nhiên một cách chậm chạp. Để thúc đẩy quá trình xử lí, con người cần tiến hành bổ sung các chất dinh dưỡng cần thiết vào môi trường như phân đạm, phân lân, cải tạo điều kiện thoáng khí của đất hoặc bổ sung vi sinh vật đã được tuyển chọn phù hợp. Để đảm bảo được quá trình xử lí sinh học hiệu quả, các vi sinh vật được sử dụng cần có sức sống tốt trong môi trường ô nhiễm, có khả năng phân huỷ chất ô nhiễm, không sinh ra các độc tố cho môi trường, không tiêu diệt các sinh vật khác.
Nước có vai trò vô cùng quan trọng đối với hệ sinh thái và con người. Khi nguồn nước bị ô nhiễm, toàn bộ hệ sinh vật bị ảnh hưởng. Nước thải công nghiệp, nước thải sinh hoạt, y tế,... không qua xử lí, thải trực tiếp ra sông, suối, biển là những nguyên nhân dẫn đến ô nhiễm nguồn nước, làm ảnh hưởng xấu đến các sinh vật thuỷ sinh, thậm chí gây chết hàng loạt.

Nguồn nước bị ô nhiễm bởi các nguyên nhân khác nhau, do đó, cần lựa chọn phương pháp xử lí ô nhiễm và khắc phục hậu quả cho phù hợp để đạt hiệu quả tốt nhất.
Việc áp dụng đồng bộ các phương pháp vật lí, hoá học và sinh học trong xử lí ô nhiễm môi trường là cần thiết. Tuy nhiên, không phải trường hợp nào cũng có thể áp dụng các biện pháp vật lí, hoá học mà chỉ có thể sử dụng các biện pháp sinh học để xử lí, cải tạo môi trường. Cùng với thực vật, vi sinh vật là đối tượng được sử dụng nhiều trong quá trình làm sạch nước bị ô nhiễm.
Đối với nước bị ô nhiễm do nồng độ chất hữu cơ quá cao thì quá trình lọc, lắng, xử lí hiếu khí và kị khí nhờ các hệ vi sinh vật khác nhau được tiến hành nhằm oxy hoá các thành phần hữu cơ trong nước thành CO2 và H2O, hoặc chuyển hoá các hợp chất hữu cơ thành khí sinh học và H2O.
Sinh khối vi sinh vật trong quá trình xử lí này được cố định trong các lớp màng hoặc các hạt. Sự cố định các vi sinh vật cho phép kiểm soát được các yếu tố tác động tới quá trình xử lí như tốc độ sục khí, tốc độ dòng chảy tương ứng với mật độ chất hữu cơ có trong nước thải.
Vi sinh vật cũng được sử dụng trong việc xử lí nước nhiễm kim loại nặng. Các vi sinh vật hấp thụ, liên kết hoặc chuyển hoá kim loại nhằm khử độc, tích tụ và tập trung kim loại, thuận lợi cho quá trình kết tủa, lắng và tách kim loại khỏi môi trường nước.
Ví dụ: Ở các thuỷ vực, nơi dự trữ nước tưới tiêu cho nông nghiệp ở những vùng núi, cao nguyên, địa hình dốc thường chứa các kim loại nặng, trong đó có đồng.
Khí sinh học (biogas) là một sản phẩm thu được từ quá trình ứng dụng vi sinh vật trong xử lí môi trường, có tác dụng sinh năng lượng phục vụ đời sống của con người. Khí sinh học được sinh ra do vi sinh vật biến đổi các chất hữu cơ trong điều kiện kị khí. Sản phẩm khí của quá trình phân huỷ này được gọi là khí sinh học bao gồm khoảng 58% đến 75% khí methane (CH4), 25% đến 42% khí CO2, một lượng rất nhỏ H2S và hơi nước. Quy trình sản xuất khí sinh học bao gồm bốn nhóm phản ứng sinh hoá được thực hiện bởi các vi sinh vật khác nhau thể hiện trong bảng sau:

Trong thực tế, quá trình tạo khí sinh học được thực hiện trong bể với các thành phần chất thải hữu cơ được nghiền nhỏ, phân hữu cơ, nước. Bể có đầu vào và đầu ra để đảm bảo mực nước trong bể luôn ổn định ở một mức nhất định, có khoảng không cho khí thải. Trên đỉnh của bể có ống dẫn khí tới bình chứa.

Trong quá trình xử lí, nguồn chất thải hữu cơ luôn được đưa vào và lượng sản phẩm tương ứng được thải ra. Lượng chất thải hữu cơ đưa vào và sản phẩm thải ra cần được tính toán để từ khi đi vào đến khi đi ra, chất thải được phân huỷ hoàn toàn. Sản phẩm rắn thải ra sau quá trình xử lí được sử dụng làm phân bón cho cây trồng. Khí sinh ra có thể được sử dụng để đun trực tiếp, nén, hoá lỏng hoặc chuyển hoá thành điện năng. Từ 10 kg sinh khối thực vật có thể tạo ra khoảng 3 kWh điện hoặc 4 kWh nhiệt. Với công nghệ tạo khí biogas, vi sinh vật đã giúp con người giải quyết được vấn đề ô nhiễm môi trường do chất thải hữu cơ rắn, xử lí ô nhiễm nước, đồng thời làm tăng giá trị của sản xuất nông nghiệp.
Chất thải rắn có nhiều nguồn gốc và nhiều thành phần khác nhau. Do vậy, để quá trình xử lí được hiệu quả, phân loại chất thải là bước đầu tiên và quan trọng. Các chất thải là kim loại, nhựa, sành sứ, thuỷ tinh,... không có khả năng hoặc bị phân huỷ sinh học rất chậm, cần được tách khỏi các chất thải hữu cơ.

Các chất thải hữu cơ dễ dàng được phân giải, do đó được xử lí thành phân bón sinh học, khí biogas hoặc các sản phẩm khác. Ngoài phương pháp xử lí phổ biến là tạo biogas còn có một phương pháp khác là ủ phân hữu cơ. Quy trình công nghệ ủ phân hữu cơ:

Ủ phân hữu cơ trong điều kiện hiếu khí là một quá trình điển hình của xử lí chất thải hữu cơ thành sản phẩm phân bón. Quần thể vi sinh vật trong quá trình ủ phân hữu cơ biến đổi phức tạp do sự đa dạng nguồn cơ chất, sự thay đổi nhiệt độ, độ ẩm, pH, các chất trao đổi trong quá trình ủ. Nhiệt độ là nhân tố có ảnh hưởng quan trọng tới quần thể vi sinh vật trong đống ủ. Trong quá trình ủ, nhiệt độ đống ủ cao dần do nhiệt được sản sinh trong hô hấp hiếu khí của vi sinh vật và được tích tụ lại. Nhiệt độ của đống ủ tăng là nhân tố kìm hãm sự sinh sản của một số vi sinh vật không chịu nhiệt. Khi không khí được cung cấp đầy đủ và đều đặn, nhiệt độ thích hợp tiếp tục duy trì, quần thể vi sinh vật chịu nhiệt sinh trưởng và sinh sản mạnh, quá trình chuyển hoá sẽ nhanh hơn.
Trong quá trình phân huỷ của hợp chất hữu cơ trong đống ủ, các vi sinh vật được chia thành các nhóm như sau:
- Nhóm vi sinh vật ưa ấm: sinh trưởng và sinh sản tốt nhất ở nhiệt độ từ 20°C đến 40°C. Ở giai đoạn này, nấm men, nấm mốc và các vi khuẩn sinh acid thường có sẵn trong chất thải hữu cơ sinh trưởng và sinh sản mạnh. Quá trình sinh trưởng và sinh sản của nhóm vi sinh vật ưa ấm này giải phóng nhiệt, làm cho đống ủ nóng lên. Nhiệt độ trên 40 °C ức chế sinh trưởng của nhóm sinh vật ưa ấm và tạo điều kiện thuận lợi cho nhóm vi sinh vật chịu nhiệt. Ở giai đoạn cuối của quá trình phân huỷ, khi nhiệt độ đống ủ giảm xuống, các vi sinh vật ưa ấm sinh trưởng mạnh trở lại, góp phần hoàn thiện sản phẩm phân huỷ, khoáng hoá các hợp chất.
- Nhóm vi sinh vật chịu nhiệt: sinh trưởng và sinh sản tốt nhất ở nhiệt độ từ 40 °C đến 60 °C. Khi nhóm vi sinh vật ưa ấm giảm số lượng nhanh chóng và biến mất do nhiệt độ đống ủ đã vượt quá nhiệt độ phù hợp của chúng, nhóm vi sinh vật chịu nhiệt tăng nhanh về số lượng. Xạ khuẩn là nhóm vi sinh vật chịu nhiệt tốt, sinh trưởng thường chậm hơn so với nấm và vi khuẩn ưa ẩm. Một số vi khuẩn chịu nhiệt cũng tăng về số lượng và thành phần, một số loài phổ biến như Aspergillus fumigatus, Bacillus aerius, Thermomyces lanuginosus.

- Nhóm vi sinh vật ưa nhiệt: sinh trưởng và sinh sản tốt nhất ở nhiệt độ từ 60 °C đến 80 °C.
Như vậy, trong quá trình ủ phân hữu cơ, đầu tiên, các vi sinh vật ưa ẩm sử dụng các nguồn đường tự do sẵn có để sinh trưởng và sinh sản, sau đó chúng thuỷ phân cơ chất bằng các enzyme. Quá trình sinh trưởng và sinh sản của chúng đã tạo ra một lượng nhiệt lớn làm cho nhiệt độ của đống ủ tăng lên. Lần lượt các vi sinh vật chịu nhiệt, các vi sinh vật ưa nhiệt xuất hiện, sinh trưởng và sinh sản, sử dụng hợp chất hữu cơ trong chất thải chuyển hoá thành sinh khối của chính vi sinh vật và tạo các chất trao đổi trung gian như mùn, các chất có hoạt tính sinh học, chuyển hoàn toàn chất thải thành sản phẩm phân bón hữu ích.