| Hạt trần | Hạt kín |
| Không có hoa. Cơ quan sinh sản là nón | Có hoa. Cơ quan sinh sản là hoa, quả |
| Hạt nằm lộ trên các lá noãn hở | Hạt nằm trong quả(Trước đó là noãn nằm trong bầu) |
| Cơ quan sinh dưỡng: ít đa dạng | Cơ quan sinh dương phát triển đa dạng |
| Mạch dẫn phát triển chưa hoàn thiện | Mạch dẫn phát triển hoàn thiện |
| => Ít tiến hoa hơn | => Tiến hóa hơn |
* Trong các đặc điểm phân biệt trên, đặc điểm có hoa của thực vật hạt kín là đặc điểm quan trọng và nổi bật nhất
Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là:
+ Cơ quan sinh dưỡng:
- Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim.
- Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép...
+ Cơ quan sinh sản:
- Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở
- Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả
- Đặc điểm quan trọng nhất: Hạt nằm trong quả (Trước đó là noãn nằm trong bầu) là một ưu thế của cây hạt kín vì nó được bảo vệ tốt hơn.
