Điểm khác biệt lớn nhất là mục tiêu đấu tranh: phong trào Cần Vương mục tiêu đấu tranh là đánh Pháp giành độc lập dân tộc, khôi phục lại chính quyền phong kiến, khởi nghãi nông dân Yên Thế có mục tiêu đấu tranh là đánh Pháp để tự vệ, giành quyền lợi thiết thân, giữ đất giữ làng.