Theo sử cũ thì Vũ Duy Thanh sinh vào giờ Tý ngày 9 tháng 8 năm Đinh Mùi - năm Gia Long thứ 6 (1807). Ông quê ở làng Kim Bồng, tên Nôm gọi là làng Bồng, huyện Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình. Ông sinh ra trong một gia đình nho học, lại nổi tiếng là thần đồng ngay từ nhỏ, sách chỉ đọc một lần là nhớ.