a) Thuận lợi
- Nằm ở Đông Á, gần với Trung Quốc và các nước Đông Nam Á có nền kinh tế đang phát triển với tốc độ tương đối cao (Trung Quốc, Việt Nam,...), gần kề các nước và lãnh thể công nghiệp mới.
- Đồng bằng nhỏ, hẹp nhưng đất đai màu mỡ.
- Bờ biển: dài (khoảng 29750km), bị chia cắt tạo thành nhiều vinh, thuận lợi cho xây dựng hải cảng, tàu bè trú ngụ. Tại các vùng biển quanh quần đảo Nhật Bản có các dòng biển nóng và lạnh gặp nhau, tạo nên những ngư trường lớn giàu tôm, cá....
- Nằm trong khu vực khí hậu gió mùa, mưa nhiều. Phía bắc có khí hậu ôn đới, phía nam có khí hậu cận nhiệt đới, tạo điều kiện cho đa dạng hóa sản phẩm nông nghiệp.
- Sông ngòi: chủ yếu là sông nhỏ, ngắn, dốc, tập trung ở miền núi, có giá trị thủy điện.
b) Khó khăn
- Nằm ở Đông Á, giữa Thái Bình Dương, gồm 4 đảo lớn: Hô-cai-đô Hôn-su, Xi-cô-cư, Kiu-xiu và hàng nghìn đảo nhỏ, cách xa đại lục, khó khăn cho giao lưu đường bộ với các nước và giữa các bộ phận của lãnh thổ đất nước.
- Địa hình chủ yếu là núi, có nhiều núi lửa, động đất; ít đồng bằng, thiếu đất trồng trọt (phải canh tác cả trên những vùng có độ dốc tới 15o).
- Nghèo khoáng sản.
- Có nhiều bão, mưa lớn gây ngập lụt và sóng thần.