Xử lý nước thải chủ yếu được xử lý bằng phương pháp sinh học gắn với việc tách chất lỏng/rắn (lắng, lọc, tuyển nổi) để giữ lại chất rắn lơ lửng và sinh khối được tạo ra. Sinh khối cơ bản gồm vi khuẩn cho phép hình thành bông cặn hoặc màng sinh học cùng nhiều loại VSV khác phát triển.