Khi thiếu nước đến 40 – 60% quang hợp bị giảm mạnh và có thể ngừng trệ. Khi bị thiếu nước, cây chịu hạn có thể duy trì quang hợp ổn định hơn cây trung sinh và cây ưa ẩm. Ảnh hưởng của nước đối với quang hợp có thể tóm tắt như sau:
- Hàm lượng nước trong không khi, trong lá, ảnh hưởng đến quá trình thoát hơi nước, do đó ảnh hưởng đến độ mở khí khổng:, tức là ảnh hưởng đến tốc độ hấp thụ CO2 vào lục lạp.
- Nước ảnh hưởng đến tốc độ sinh trưởng và kích thước của lá.
- Nước ảnh hưởng đến tốc độ vận chuyển các sản phẩm quang hợp.
- Hàm lượng nước trong tế bào ảnh hưởng đến độ hidrat hóa của chất nguyên sinh và do đó ảnh hưởng đến điều kiện làm việc của hệ thống enzim quang hợp.
- Quá trình thoát hơi nước đã điều hòa nhiệt độ của lá, do đó ảnh hưởng đến quang hợp.
- Nước là nguyên liệu trực tiếp cho quang hợp với việc cung cấp H+ và eletctron cho phản ứng sáng.