Những nguyên nhân chính gây ra thất thoát năng lượng trong hệ sinh thái:
* Năng lượng tiêu hao qua hô hấp, tạo nhiệt ở mỗi bậc dinh dưỡng.
* Năng lượng mất qua chất thải (thải qua bài tiết, phân, thức ăn thừa…hoặc năng lượng mất qua rơi rụng như rụng lá ở thực vật, rụng lông, lột xác của động vật,… ) ở mỗi bậc dinh dưỡng.