Là mầm cây mới được hình thành do kết quả của sự liên hợp giữa giao tử đực và cái trong quá trình thụ tinh. Cấu trúc cơ bản của phôi gồm trục phôi có các đỉnh sinh trưởng nằm ở hai đầu của trục, sau này đỉnh sinh trưởng sẽ hình thành chồi thân và rễ cây, một hay nhiều lá mầm. Số lá mầm là một chỉ tiêu phân loại: cây một lá mầm (thuộc họ Hòa thảo, Cau dừa… ), cây hai lá mầm (thuộc họ Đậu, họ Quả hai cánh… ), cây nhiều lá mầm (thuộc họ Thông… ) có tới trên 15 lá mầm.
Phôi của hạt các loài khác nhau có kích thước rất khác nhau. Có hai dạng hạt: hạt không phôi nhũ và hạt có phôi nhũ. Hạt không phôi nhũ có phôi chiếm chủ yếu khối lượng của nó. Ở hạt có phôi nhũ, phôi chiếm phần nhỏ, thường nằm ở phần cuối của hạt. Nhiều loại hạt có phôi quan sát được rõ ràng, tuy nhiên một số loại hạt như ở hạt đào, phôi rất khó phân biệt với phôi nhũ.
Mô dự trữ:Mô dự trữ của hạt không có phôi nhũ nằm ở lá mầm, chúng chiếm phần lớn hạt. Trong hạt có phôi nhũ, vật liệu dự trữ nằm ở phôi nhũ, phôi tâm hoặc là giao tử cái đơn bội như ở các loài cây hạt trần.
Vỏ bọc hạt:Vỏ bọc hạt là phần bảo vệ phôi và các bộ phận khác của hạt khỏi các tác động cơ giới và bảo quan hạt được lâu dài. vỏ bọc hạt có vai trò quan trọng đối với sức sống của hạt, sự nảy mầm của hạt giống.
Vỏ bọc hạt bao gồm phần vỏ hạt, phần còn lại của phôi tâm và phôi nhũ và đôi khi gồm cả một phần của quả. Vỏ hạt thường gồm hai lớp, đôi khi có ba lớp, được sinh ra từ vỏ noãn, vỏ hạt là một đặc điểm đặc trưng cho loài cây. Thông thường vỏ hạt khô, cứng và dầy, màu nâu thẫm. Ở một số loài cây vỏ hạt rất cứng và khó thấm nước. Vỏ hạt trong thì ngược lại, là màng mỏng, dễ thấm. Phôi nhũ và phôi tâm nằm trong lớp vỏ trong của hạt, có khi chúng hình thành lớp bao quanh phôi.
Có trường hợp một phần quả liên kết với hạt giống, nằm sát nhau làm cho khó phân biệt giữa hai thành phần này như ở dạng quả bế, quả (hạt) thóc, quả cánh. Dạng quả đấu có phần vỏ hạt và quả tách biệt nhau song vỏ quả không tách. Một số loài có dạng quả cứng như ở họ Sồi, Dẻ, vỏ quả rất cứng nhưng rất dễ tách khỏi hạt.
Cấu tạo của hạt : (3 phần)
+Vỏ
+Phôi
+Chất dinh dưỡng dự trữ.
