Khu vực sông Cửu Long tình trạng thiếu nước ngọt cho sản xuất và sinh hoạt vào mùa khô, cộng thêm tác động của biến đổi khí hậu làm mực nước biển dâng cao khiến xâm nhập mặn, hạn hán diễn ra trầm trọng hơn. Để khắc phục tình trạng này, cần đẩy mạnh việc sử dụng tổng hợp tài nguyên nước ở lưu vực sông Cửu Long thông qua biện pháp cải tạo, mở rộng hệ thống kênh rạch để vừa góp phần đảm bảo nước cho sinh hoạt và sản xuất (trồng trọt, nuôi trồng thuỷ sản,..), vừa phòng chống thiên tai (lũ lụt, hạn hán, xâm nhập mặn).Trong quá trình sử dụng tổng hợp tài nguyên nước ở lưu vực sông Cửu Long cần chú trọng đến vấn đề bảo vệ chất lượng nguồn nước.