Hệ miễn dịch phân biệt bản thân với yếu tố lạ và loại bỏ khỏi cơ thể các phân tử và tế bào lạ tiềm tàng nguy hiểm. Hệ miễn dịch cũng có khả năng nhận biết và tiêu diệt các tế bào bất thường xuất phát từ các mô vật chủ. Bất kỳ phân tử nào có khả năng được hệ miễn dịch nhận biết được coi là một kháng nguyên (Ag).
Da, giác mạc và niêm mạc đường hô hấp, đường tiêu hóa và tiết niệu sinh dục tạo thành hàng rào vật lý, là tuyến phòng ngự đầu tiên của cơ thể. Một số hàng rào này cũng có chức năng miễn dịch hoạt động:
Bên ngoài, lớp lớp thượng bì sừng hóa: Các tế bào sừng trong da tiết ra các chất peptide kháng khuẩn (defensins), tuyến bã và tuyến mồ hôi tiết ra các chất ức chế vi khuẩn (ví dụ acid lactic, axit béo). Ngoài ra, nhiều tế bào miễn dịch (ví dụ, các tế bào mast, lympho bào trong biểu mô, các tế bào Langerhans lấy mẫu Ag) nằm trong da.
Niêm mạc đường hô hấp, đường tiêu hoá và đường sinh dục tiết niệu: chất nhầy có chứa các chất kháng khuẩn, như lysozyme, lactoferrin, và kháng thể bài tiết IgA (SIgA).
Sự xâm nhập các hàng rào giải phẫu có thể khởi phát 2 loại phản ứng miễn dịch:
Bẩm sinh
Mắc phải
Nhiều thành phần phân tử (ví dụ, bổ thể, cytokine, các protein giai đoạn cấp tính) tham gia vào cả miễn dịch bẩm sinh và mắc phải
