Đời nhà Nguyễn, Quốc Tử giám lập tại Huế. Năm 1802, vua Gia Long ấn định đây là Văn Miếu - Hà Nội. Tổng trấn Bắc thành Nguyễn Văn Thành cho xây thêm Khuê Văn Các bên cạnh giếng vuông. Như vậy vào đầu thời Nguyễn, Văn miếu Thăng Long đã một lần được sửa sang chỉ còn là Văn Miếu của trấn Bắc Thành, sau đổi thành Văn Miếu Hà Nội. Còn Quốc Tử Giám thì đổi thành học đường của phủ Hoài Đức và sau đó tại khu vực này xây đền Khải thánh để thờ cha mẹ Khổng Tử.
Đầu năm 1947, thực dân Pháp nã đạn đại bác làm đổ sập căn nhà, chỉ còn cái nền với hai cột đá và 4 nghiên đá. Ngày nay toàn bộ khu Thái Học được xây dựng với diện tích 1530m² trên tổng diện tích 6150m² gồm các công trình kiến trúc chính là Tiền đường, Hậu đường, Tả vu, Hữu vu, nhà chuông, nhà trống được mô phỏng theo kiến trúc truyền thống trên nền đất xưa của Quốc Tử Giám.
Nhà Lê cho dựng văn miếu Quốc tử giám để làm nơi dạy học cho con của vua,quan và mở trường thi tìm tiến sĩ
Từ năm 1070, đời vua Lý Thánh Tông cho khởi dựng Văn Miếu - Quốc Tử Giám để tôn thờ và bồi dưỡng Nho học. Xây dựng khá quy mô, Văn Miếu - Quốc Tử Giám trong khuôn viên hình chữ nhật. Mặt tiền cũng là chiều ngang rộng 75m, quay ra đường Quốc Tử Giám, phía sau giáp đường Nguyễn Thái Học. Chiều dài phía Bắc là đường Tôn Đức Thắng, phía Nam là đường Văn Miếu dài 306m. Văn Miếu - Quốc Tử Giám thiết kế bởi nhiều lớp nhà và lớp cửa cách nhau 5 cái sân: Tam quan qua sân thứ nhất. Đại trung môn có hai cổng nhỏ vào sân thứ hai. Khuê Văn Các có hai cổng nhỏ vào sân thứ ba. Tiếp đến là hồ Thiên Quang Tĩnh và Cửa Đại Thành vào sân thứ tư. Khu chính của Văn Miếu gồm hai nếp nhà chính cách nhau cũng bằng cái sân, mái lợp ngói cổ. Nếp nhà trong là Chính tẩm thờ Khổng Tử và khán thờ các thánh tứ phối: Phan Uyên, Tăng Sâm, Tử Tư, Mạnh Tử. Khu nhà Đại Bái hai bên tả, hữu treo thờ tranh vẽ tiên hiền, tiên nho. Qua sân thứ năm là nhà Thái Học (thờ cha, mẹ Khổng Tử).
Cổng Tam Quan Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
Cảnh thi Đình được tái hiện.
Hằng năm, các thủ khoa của các trường đại học (khu vực Hà Nội) về Văn Miếu - Quốc Tử Giám báo công và thăm quan trường đại học đầu tiên.
Khách du lịch quốc tế đến thăm.
Đến đời vua Lý Thánh Tông khởi đầu xây dựng Văn Miếu, đồng thời bổ nhiệm những vị quan giỏi văn vào Văn Miếu để giúp các hoàng tử, các con em quan lại.
Năm 1075, đời vua Lý Nhân Tông mở khoa thi Tam trường đầu tiên ở nước ta. Khoa thi này chọn được 10 người giỏi nhất, đỗ đầu là Nguyễn Văn Thịnh người làng Đông Cứu (Bắc Ninh) sau này ông làm quan tới chức Thái sư.
Năm 1086, đời vua Lý Nhân Tông lại mở khoa thi. Mạc Hiển Tích người làng Lũng Động (Chí Linh, Hải Dương) đỗ đầu, sau này làm quan tới chức Thượng thư, Đại học sĩ. Triều Lý rất quan tâm đến việc đào tạo, nên nền Nho học cũng bắt đầu thịnh lên từ đấy.
Triều Trần (1233) đời Trần Thái Tông mở khoa Thái học sinh (sau này là Tiến sĩ), đến năm 1252 nhà Trần mở rộng chọn thêm những Nho sinh ưu tú trong dân thường được vào học tại Văn Miếu, giảng Tứ thư, Ngũ kinh và học thêm cả võ nghệ. Thời kỳ này nhà giáo Chu Văn An được mời vào giữ chức Tư nghiệp Quốc Tử Giám. Ông đã biên tập nhiều sách quan trọng làm nội dung giảng dạy các Nho sinh. Thời kỳ này nhà Trần đặt lại thứ bậc trong thi cử, đỗ bậc nhất có Tam khôi: Trạng nguyên, Bảng nhãn, Thám hoa.
Thời Hậu Lê, Lê Thái Tổ (Lê Lợi) vừa lên ngôi đã quan tâm ngay đến việc giáo dục, đã tuyển chọn các Nho sinh ưu tú ở các nơi vào Quốc Tử Giám để được các thầy giỏi giảng dạy. Nhà Lê còn khuyến khích dựng trường, mở lớp ở các nơi, để nâng cao dân trí. Đời Lê Thánh Tông (1483) cho phát triển in sách, đặt ra lệ khắc tên tuổi Tiến sĩ vào bia đá cho những người thi đỗ từ năm 1442, mỗi khoa thi một tấm bia. Đời vua Lê Hiển Tông (1779) vẫn còn tất cả 116 tấm bia đá trên lưng rùa đá. Do chiến tranh, các bia đá thất lạc, nay chỉ còn 82 bia. Trong những tấm bia ấy, nhiều chỗ bị Triều Nguyễn đục xóa bỏ đi những người đỗ thời Chúa Trịnh và thời Tây Sơn. Năm 1802, nhà Nguyễn cho xây thêm Khuê Văn Các để các nhà Nho làm thơ và bình thơ.
Năm 1999, để kỷ niệm 990 năm Thăng Long - Hà Nội (1010-2000), nhà nước ta cho xây dựng lại khu Thái Học - Văn Miếu theo lối kiến trúc cổ, thờ các vị vua: Lý Thánh Tông, Lý Nhân Tông, Lê Thánh Tông và Nhà giáo Chu Văn An là những người có nhiều công giữ gìn và bồi đắp nền Nho học trong trường Đại học đầu tiên của nước ta.
Ngày nay, Văn Miếu - Quốc Tử Giám là nơi rằm tháng Giêng hằng năm Hội Nhà văn Việt Nam tổ chức báo cáo kết quả của nền văn học trong năm và bình những bài thơ hay. Đây là nơi nhà nước tổ chức trao các hàm, học vị: Giáo sư, Viện sĩ, Tiến sĩ… cho những trí thức mới. Hằng năm, cứ sau kỳ tốt nghiệp bậc đại học, thủ khoa của các trường được về Văn Miếu - Quốc Tử Giám để Chủ tịch UBND Tp.Hà Nội trao bằng khen và tham quan rất nhiều hoạt động trong lĩnh vực văn hóa được tổ chức tại Văn Miếu. Đặc biệt, khách nước ngoài từ khắp các lục địa cũng về đây hằng ngày để tham quan và tìm hiểu trường Đại học đầu tiên của Việt Nam, Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
