Cơ quan thoái hóa hay được sử dụng như bằng chứng nói lên mối quan hệ họ hàng giữa các loài vì cơ quan thoái hóa không có chức năng gì nên không được CLTN giữ lại. Chúng được giữ lại ở các loài đơn giản là do được thừa hưởng các gen ở loài tổ tiên.
Sở dĩ cơ quan thoái hoá hay đưuọc sử dụng như bằng chứng nói lên mối quan hệ họ hàng giữa các loài vì cơ quan thoái hoá không cso chức năng gì nên thừa hưởng các gen từ loài tổ tiên.