- Thời tiết, khí hậu:
Thời tiết, khí hậu khu vực nuôi ảnh hưởng đến mức nhiệt trung bình và biến động nhiệt độ theo các mùa trong năm của thuỷ vực. Mỗi nhóm động vật thuỷ sản có khả năng sống sót, sinh trưởng và sinh sản ở các khoảng nhiệt độ khác nhau. Do đó, đặc trưng thời tiết, khí hậu từng vùng là cơ sở xác định đối tượng nuôi phù hợp, mùa vụ thả giống và số vụ nuôi trong năm.
- Nguồn nước:
Nước nuôi thuỷ sản thường được cung cấp từ hệ thống kênh, mương gần khu vực nuôi. Đặc điểm tự nhiên vùng nuôi ảnh hưởng đến trữ lượng và chất lượng của nguồn nước. Chất lượng nước ở kênh mương còn bị ảnh hưởng bởi các nguồn thải từ dân cư, hoạt động trồng trọt, chăn nuôi của vùng lân cận. Nguồn nước trong, không chứa chất ô nhiễm và có các chỉ tiêu môi trường phù hợp là yếu tố quyết định đến sự thành công của hoạt động nuôi thuỷ sản. Ví dụ: Nguồn nước gần các khu vực dân cư đông đúc hoặc các vùng chăn nuôi tập trung thường có chất lượng kém, không phù hợp cho nuôi thuỷ sản. Nước biển xa bờ thường sạch hơn so với ở khu vực ven bờ
- Thổ nhưỡng:
Mỗi vùng nuôi có đặc trưng thổ nhưỡng khác nhau (cát, sét, bùn). Trong thuỷ vực, nước luôn tiếp xúc và có sự trao đổi vật chất với nền đáy mang đặc trưng thổ nhưỡng, do đó tác động trực tiếp đến chất lượng môi trường nước. Ví dụ: Ao nuôi xây dựng trên vùng đất phèn thường có môi trường nước với độ pH thấp, hàm lượng sắt cao.
- Ảnh hưởng từ quá trình vận hành hệ thống nuôi:
Trong quá trình nuôi, người nuôi cung cấp thức ăn cho động vật thuỷ sản, bổ sung vào hệ thống nuôi các loại chế phẩm sinh học, hoá chất xử lí môi trường, thuốc phòng và điều trị bệnh. Các chất bổ sung đều tạo ra chất thải trong nước và nền đáy ao nuôi, gây ra tác động nhất định lên môi trường nuôi thuỷ sản. Tuy nhiên, việc đưa thức ăn vào hệ thống nuôi là yếu tố chính tạo ra chất thải và gây ảnh hưởng lớn đến chất lượng môi trường nước hệ thống nuôi.