Vụ nổ còn giết cả san hô trong khu vực, tiêu diệt chính cấu trúc của rạn, phá hủy nơi cư trú cho cá và các động vật quan trọng khác có tầm quan trọng đối với việc bảo tồn một rạn san hô mạnh khỏe. Những vùng từng phủ đầy san hô trở thành hoang mạc đầy vụn san hô, cá chết, và không còn gì khác sau cuộc đánh cá bằng thuốc nổ. Kiểu đánh cá này đã làm cho nhiều loài cá bắt đầu quá trình tuyệt chủng.
Việc đánh bắt thủy sản bằng thuốc nổ không chỉ ảnh hưởng nghiêm trọng đến nguồn lợi thủy sản, môi trường sinh thái, mà còn trực tiếp đe dọa đến tính mạng người sử dụng chất nổ. Vụ nổ dưới nước cũng có thể dẫn đến chết cá hàng loạt, đặc biệt trong trường hợp đánh cá bằng chất nổ. Tuy nhiên, những vụ nổ như vậy sẽ không gây ra tình trạng cá chết hàng loạt ở những khu vực quá lớn vì sức nổ nhìn chung có hạn.
