Do clo và ozon đều có tính oxi hóa mạnh nên có tính sát trùng. Ozon khi phân rã nó tạo thành các gốc tự do của ôxy, là những chất có hoạt tính cao và gây nguy hiểm hay tiêu diệt phần lớn các phân tử hữu cơ.
Các nguyên nhân là do:
+ Nước khử trùng bằng Cl2 có mùi khó chịu do lượng Clo dư gây nên.
+ Nước khử trùng bằng O3 không có mùi do chỉ cần lượng nhỏ O3 có thể khử trùng nhiều m3 nước, ozon không bền, luôn tự phân giải và cuối cùng chỉ còn oxy vô hại và không có các sản phẩm phụ gây ô nhiễm nước.
+ Nước khử trùng bằng O3 có thể diệt được cả vi khuẩn cỡ lớn như: vi khuẩn Kock gây bệnh lao, amip…