Tàu qua kênh Panama phải đóng cước phí rất cao. Nếu không đi qua kênh đào mà đi bằng đường biển thì đường gần nhất là 10.585 hải lý (19.603,5 km). Như vậy đường đi sẽ dài gấp 245 lần và thời gian trên biển sẽ hơn một tháng (gấp khoảng 90 lần thời gian qua kênh). Một tàu 60.000 tấn một ngày tiêu thụ khoảng 35 tấn dầu đốt và giá thuê tàu cũng vài chục ngàn USD, như vậy không qua kênh còn tốn gấp trăm lần trong khi đường biển xuống cực nam châu Mỹ lại rất nguy hiểm vì nước xoáy và từ trường lớn nên qua kênh là sự lựa chọn duy nhất.
Hàng năm,tiền cước phí qua kênh panama đã mang về khoản lợi nhuận không nhỏ cho nhà nước Panama vì vậy hiện nay họ đang tiến hành sửa chữa để có thể cho tàu có trọng tải lớn có thể qua kênh .Không chỉ vậy nó còn đóng vai trò to lớn về mặt chính trị vì nối liền châu Mĩ với các châu lục khác
