Cuối năm 1788, Nguyễn Nhạc tuổi cao lắm bệnh, bất lực không thể cứu ứng Nam Bộ, xin nhường ngôi hoàng đế, đất đai và binh quyền cho Nguyễn Huệ và thỉnh cầu ông vào cứu. Nguyễn Lữ thì đã bệnh mất, như vậy toàn bộ nhà Tây Sơn đã được thống nhất dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Huệ.
Để chuẩn bị cho chiến dịch Nam tiến nhằm tiêu diệt nốt thế lực của Nguyễn Ánh và thống nhất đất nước, Nguyễn Huệ tổng động viên binh lính ở Thuận Hoá, ngày đêm tập luyện. Tuy nhiên, khi ông chưa kịp tiến vào Nam thì lại nghe tin nhà Thanh nghe lời Lê Chiêu Thống cầu viện, sai Tôn Sĩ Nghị mang chừng 29 vạn quân và dân công sang đánh vào Đại Việt[38][39]
Đền Quán Cháo ở phòng tuyến Tam Điệp nơi gắn với câu chuyện người con gái dâng cháo cho nghĩa quân Tây Sơn
Lê Chiêu Thống chạy sang Trung Quốc, cầu viện hoàng đế nhà Thanh là Càn Long. Cuối năm 1788, Càn Long sai Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị chỉ huy 20 vạn quân Thanh hộ tống Lê Chiêu Thống về Đại Việt với danh nghĩa "phù Lê", vào chiếm đóng Thăng Long. Quân Tây Sơn do Đại tư mã Ngô Văn Sở, theo mưu kế của Ngô Thì Nhậm,[42][43] Phan Huy Ích và các mưu thần khác, chủ động rút quân về đóng ở Tam Điệp - Biện Sơn cố thủ chờ lệnh.[44]
Nghe tin báo, ngày 25 tháng 11 năm Mậu Thân (22 tháng 12 năm 1788), Nguyễn Huệ xuất quân tiến ra Bắc Hà. Để lấy danh nghĩa chính thống, Nguyễn Huệ quyết định lên ngôi Hoàng đế. Nguyễn Huệ tức tốc cho lập đàn Nam Giao ở núi Bân (cạnh núi Ngự Bình) làm lễ tế trời đất, tuyên bố lên ngôi Hoàng đế, lấy niên hiệu Quang Trung
Việc này là đúng vì vua Lê ko có quyền hành lại vô dụng nên ko thể nắm giữ đất nước
