Từ tháng 6 năm 1885, phong trào kháng Pháp nổ ra khắp các tỉnh đồng bằng Bắc Kỳ, trong đó đáng chú ý là cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy. Từ những đội quân nhỏ lẻ, văn thân, sĩ phu, thủ lĩnh, nông dân, những người yêu nước đã tập hợp lại tại vùng Bãi Sậy. Bãi Sậy là nơi có địa bàn hoang vu, lầy lội, thuận tiện cho phát triển cuộc khởi nghĩa. Theo ý kiến chung của một số người nghiên cứu thì cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy mở đầu từ năm 1885 và chấm dứt vào năm 1889. Nhưng thực ra cuộc khởi nghĩa ấy là cả một quá trình chống thực dân Pháp liên tục và lâu dài kể từ năm 1883 đến năm 1892 mới kết thúc.
Địa bàn hoạt động của nghĩa quân kéo dài khắp hai tỉnh Hưng Yên, Hải Dương và một phần tỉnh Bắc Ninh, Hải Phòng, Quảng Yên. Từ căn cứ Bãi Sậy, nghĩa quân hoạt động mở rộng ra vùng đồng bằng và khống chế luôn cả những tuyến giao thông quan trọng bằng đường bộ (đường số 5: Hà Nội - Hải Phòng; đường số 1: Hà Nội - Nam Định; đường Hà Nội - Bắc Ninh) và đường thủy (trên sông Thái Bình, sông Đuống, sông Hồng...)- Ngoài Bãi Sậy thì Hai Sông (thuộc huyện Kinh Môn, Hải Dương) là căn cứ thứ hai của nghĩa quân. Tại căn cứ này, nghĩa quân hoạt động lan ra khắp các vùng lân cận như Hải Dương, Hải Phòng, Quảng Yên.
Nghĩa quân Bãi Sậy có đặc thù là chia thành những đội quân với quy mô nhỏ, hoạt động phân tán, tác chiến theo kiểu đánh du kích. Mỗi đội chừng 20 đến 25 người, sống lẫn vào dân, vận động nhân dân giúp đỡ, tích cực ủng hộ tham gia nghĩa quân chống thực dân Pháp. Không chỉ vậy, nghĩa quân Bãi Sậy còn sử dụng công tác binh vận để kêu gọi binh lính ngụy quân quay trở về với nghĩa quân đánh thực dân Pháp.
Cuộc khởi nghĩa này diễn biến qua ba giai đoạn sau đây:
- Giai đoạn thứ nhất (1883-1885) do Đinh Gia Quế, tức Đổng Quế lãnh đạo.
- Giai đoạn thứ hai (1885-1889) do Nguyễn Thiện Thuật, tức Tán Thuật lãnh đạo.
- Giai đoạn thứ ba (1890-1892) do Nguyễn Thiện Kế, tức Hai Kế lãnh đạo.
Dưới quyền của ba lãnh tụ chính chỉ huy toàn bộ cuộc khởi nghĩa nói trên còn có vô số tướng lĩnh ở các địa phương, nếu chỉ tính từ Đề đốc, Lãnh binh đã có tới hàng trăm, tiêu biểu như: Lưu Kỳ, Nguyễn Thiện Dương, Đội Văn, Nguyễn Văn Sung, Đốc Cọp, Nguyễn Đình Tính, Nguyễn Đình Đề, Ba Sành, Nguyễn Đình Xuyên, Dương Văn Điển, Đốc Tít, Phạm Văn Ban, Đề Vinh, Nguyễn Đình Mai, Quyền Túc, Lê Văn Hanh... Họ đã trực tiếp hoặc gián tiếp chịu sự chỉ đạo của các lãnh tụ chính và góp sức làm nên một phong trào Bãi Sậy chống Pháp rộng lớn trong nhiều phủ huyện ở tả ngạn sông Hồng.