- Ở trung ương, vua Minh Mạng là tiến hành cải tổ hệ thống Văn thư phòng và thành lập Cơ mật viện.
- Đổi Thị thư viện thành Văn thư phỏng, lập Nội các thay thế cho Văn thư phòng với chức năng như một cơ quan hành chính trung ương, chuyển và tiếp nhận công văn từ triều đình đến các địa phương và ngược lại, khởi thảo các chế cáo, lưu giữ công văn.
- Lập Cơ mật viện làm cơ quan tư vấn tối cao cho nhà vua về những vấn đề quản sự quan trọng, đứng đầu là quan văn, võ do đích thân nhà vua lựa chọn.
- Cải cách quan trọng tiếp theo là hoàn thiện cơ cấu, chức năng của lục Bộ và cải tổ các cơ quan chuyên môn như Quốc tử giám, Hàn lâm viện...
- Vua Minh Mạng cũng thực hiện chế độ giám sát, thanh tra chéo giữa các cơ quan trung ương thông qua hoạt động của Đô sát viện và lục Khoa.
- Ở địa phương, cải cách quan trọng nhất là về hành chính, đặc biệt là chia đất nước thành các tỉnh.
- Đối với vùng dân tộc thiểu số, vua Minh Mạng cho đổi các động, sách thành xã như vùng đồng bằng, đồng thời bãi bỏ chế độ cai trị của các tù trưởng địa phương, bổ dụng quan lại của triều đình đến cai trị trực tiếp.
