Cửu Trùng Đài càng xây cao, càng tốn kém tiền của và càng thêm nhiều tai nạn. Mâu thuẫn giữa thợ xây đài và nhân dân với hôn quân Lê Tương Dực và với kiến trúc sư Vũ Như Tô càng sâu sắc. Lợi dụng tình hình đó, phe phản nghịch trong triều do Trịnh Duy Sản cầm đầu dấy binh khởi loạn.
- Biết có biến, Đan Thiềm tìm gặp Vũ Như Tô, nhiều lần khuyên ông chạy trốn, nhưng Vũ Như Tô không nghe. (Lớp I, II, III)
- Sau khi giết vua, phe khởi loạn lập triều đình mới, thợ xây đài và đám đông dân chúng hùa theo phe khởi loạn chống lại Vũ Như Tô. (Lớp IV)
- Những ai thân cận với vua Lê Tương Dực đều bị truy đuổi, bắt bớ, chém giết. Đan Thiềm hiểu rằng Vũ Như Tô đã hết cơ hội bỏ trốn. (Lớp V, VI)
- Quân khỏi loạn kéo đến. Vũ Như Tô, Đan Thiềm bị kết tội, bị sỉ nhục và bắt trói. Đan Thiềm bị giải đi, nàng vĩnh biệt Vũ Như Tô trong đau đớn, tuyệt vọng. (Lớp VII)
- Vũ Như Tô một mực không tin mình có tội, vẫn nuôi hi vọng rằng: An Hòa Hầu, một trong những kẻ cầm đầu phe khởi loạn sẽ giúp ông tiếp tục xây xong Cửu Trung Đài. (Lớp VIII)
- Nhưng Cửu Trùng Đài (sắp hoàn thành) đã bị chính An Hòa Hầu đốt thành tro bụi. Vũ Như Tô hiểu rằng mọi cơ hội đã chấm hết, mộng lớn tan tành. Ông chấp nhận bị giải ra pháp trường, đón nhận cái chết (Lớp IX).