Năm 1545, giữa lúc cuộc chiến Nam - Bắc triều đang diễn ra quyết liệt, Nguyễn Kim qua đời, vua Lê đã trao lại toàn bộ binh quyền cho Trịnh Kiểm. Từ đây, mâu thuẫn giữa hai dòng họ Trịnh - Nguyễn dần bộc lộ và ngày càng gay gắt. Năm 1558, Nguyễn Hoàng (người con thứ của Nguyễn Kim) được cử vào trấn thủ vùng Thuận Hóa. Họ Nguyễn từng bước xây dựng thế lực và mở rộng dần đất đai về phương Nam. Năm 1613, Nguyễn Hoàng mất, con là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay, đã tỏ rõ thái độ đối lập và chấm dứt việc nộp thuế cho họ Trịnh.
Xung đột Trịnh - Nguyễn bùng nổ vào năm 1627. Sau hơn 50 năm giao tranh, trải qua 7 lần giao chiến không phân thắng bại, năm 1672, hai bên tạm giảng hòa, lấy sông Gianh (Quảng Bình) làm ranh giới phân chia đất nước. Đàng Trong (vùng đất từ sông Gianh trở vào Nam, hay còn gọi là Nam Hà) do con cháu họ Nguyễn nối nhau cầm quyền, nhân dân gọi là “chúa Nguyễn” và Đàng Ngoài (vùng đất từ sông Gianh trở ra Bắc, hay còn gọi là Bắc Hà) do con cháu họ Trịnh thay nhau cai quản.
Cuộc xung đột kéo dài giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh - Nguyễn đã làm suy kiệt sức người, sức của; tàn phá đồng ruộng, xóm làng; giết hại nhiều người dân vô tội; chia cắt đất nước và làm ảnh hưởng đến sự phát triển chung của quốc gia - dân tộc.
