Trước sự phản công của quân Pháp, quân triều đình không giữ được thành, cả hai đạo quân của triều đình ở bên trong và bên ngoài chống không nổi, tan vỡ, tháo chạy về phía Lục Bộ và tràn ra cửa Đông Ba. Tại đây họ đã bị toán quân của Pháp từ phía Cửa Trài tiến lên bao vây. Cuộc giết chóc tàn bạo chưa từng có đã xảy ra: hơn 1.500 người dân và binh lính triều đình đã ngã xuống trong đêm hôm đó vì bị trúng đạn của Pháp, hay một số do chen lấn, giẫm đạp lên nhau khi cố vượt ra khỏi Kinh thành. Hầu như không có gia đình nào không có người bị tử nạn trong đêm binh biến này.
Quân Pháp tiến được vào thành, họ hạ cờ triều đình Huế xuống, treo cờ tam tài lên kỳ đài. Sau đó, họ tiếp tục tiến vào Đại Nội, rồi ra sức đốt phá, giết chóc, cướp bóc không từ một ai. Một toán quân Pháp đốt trụi trụ sở Bộ Lại, Bộ Binh và các kho thuốc súng. Quân Pháp chia nhau chiếm giữ các kho tàng, cung điện, thu được nhiều vàng bạc và số tiền hơn một triệu quan, là số tiền mà triều đình không kịp mang đi... Trưa hôm đó, họ chia nhau đi đốt hoặc vùi lấp những thi hài của quân và dân Nam chết trong trận đánh.
Vào tháng giêng năm Đinh Hợi (1887), quân Pháp trở lại Quy Đạt với chiến thuật “phủ dụ, thu phục”, để bắt vua Hàm Nghi. Ngày 16.3, tá sự Nguyễn Phạm Tuân và đồng sự bị thương và bị bắt ở Thác Đài và bị đưa về Minh Cầm xử tử. Sau chiến dịch “phủ dụ dân” của Pháp, lúc này ở bên cạnh nhà vua chỉ có Trương Quang Ngọc và con trai út của Tôn Thất Thuyết là Tôn Thất Thiệp. Bọn Pháp tìm cách mua chuộc Ngọc, gửi cho Ngọc thuốc phiện, các thứ bàn đèn và hứa với Ngọc những chức tước khi anh ta giao nộp vua. Thế là Ngọc “ăn bã”, đã ám sát Tôn Thất Thiệp và giao nhà vua trẻ cho người Pháp vào ngày 14.11.1888 tại Thanh Lạng (Minh Hoá). 7 năm sau, Ngọc bị nghĩa quân Phan Đình Phùng chặt đầu ngay chỗ mà vua Hàm Nghi bị bắt!
Thế là sau 3 năm 4 tháng (5.7.1885 - 14.11.1888), cuộc xuất bôn chống Pháp của vua Hàm Nghi thất bại. Ngày 26.11.1888, nhà vua bị đưa xuống tàu đày biệt xứ tại Alger và mất ở Alger năm 1913. Nhưng chiếu Cần Vương và ý chí của vua Hàm Nghi đã khơi dậy tinh thần chống Pháp trong cả nước, mãi mãi là điểm son trong lịch sử dân tộc!
