Quân xâm lược nhà Thanh đã bị đánh tan, nhưng nền an ninh và toàn vẹn lãnh thổ Tổ quốc vẫn còn bị đe doạ. Phía bắc, thế lực Lê Duy Chỉ (em ruột Lê Chiêu Thống) lén lút hoạt động ở vùng biên giới Việt - Trung, phía Nam còn Nguyễn Ánh nên vua Quang Trung vẫn đặc biệt trú trọng chính sách quốc phòng và ngoại giao