Việc triều đình kí Hiệp ước 1883 càng đẩy mạnh phong trào kháng chiến chống Pháp của nhân dân ta.
Nhiều sĩ phu văn thân là quan lại triều đình ớ các địa phương, như Nguyễn Thiện Thuật. Tạ Hiện, Hoàng Ván Hoè, Lã Xuân Oai. Nguyễn Quang Bích... đã phản đối lệnh bãi binh. Đây chính là cơ sở để phái kháng chiến trong triều đình Huế, do Tôn Thất Thuyết cầm đầu, mạnh tay hành động.
Do chiến sự tiếp tục kéo dài ở Bác Kì, thực dân Pháp buộc phải tổ chức những cuộc tấn công nhằm tiêu diệt các trung tâm để không còn sót lại. Từ cuối năm 1883 đến giữa năm 1885, chúng cho quân chiếm Bắc Ninh, Thái Nguyên, Hưng Hoá, Tuyên Quang... Quân Thanh đóng giữ các vị trí này chỉ chống cự lấy lệ, rồi rút. Cuối cùng, Pháp - Thanh đã đi đến thoả thuận với nhau bằng Quy ước Thiên Tân (11 - 5 - 1884), theo đó, nhà Thanh cam kết rút hết quân đội khỏi Bắc Kì.
Sau khi làm chủ tình thế, chính phủ Pháp lại bắt triều đình Huế kí bản hiệp ước mới vào ngày 6 - 6 - 1884 (Hiệp ước Pa-tơ-nốt), có nội dung cơ bản giống' với Hiệp ước Hác-măng, chỉ sửa đổi đôi chút về ranh giới khu vực Trung Kì nhằm xoa dịu dư luận và lấy lòng vua quan phong kiến bù nhìn.
Hiệp ước Pa-tơ-nốt đã chấm dứt sự tồn tại của triều đại phong kiến nhà Nguyễn với tư cách là một quốc gia độc lập. thay vào đó là chế độ thuộc địa nửa phong kiến, kéo dài đến Cách mạng tháng Tám năm 1945.
