Mặc dù đều có chung khuynh hướng dân chủ tư sản, có chung mục tiêu giành độc lập dân tộc nhưng Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh lại có sự mâu thuẫn về phương pháp cứu nước:
- Phan Bội Châu: Đánh Pháp giành độc lập dân tộc, xây dựng xã hội tiến bộ bằng phương pháp bao động
- Phan Châu Trinh: Vận động cải cách trong nước, khai thông dân trí, mở mang công, thương nghiệp.