Đến giữa thế kỷ XIX, sau hơn 200 năm thống trị, chế độ Mạc phủ Tokugawa lâm vào tình trạng khủng hoảng nghiêm trọng về mọi mặt từ kinh tế, xã hội đến chính trị.
Nông nghiệp: Đến giữa thế kỷ XIX, Nhật Bản vẫn là một nước nông nghiệp duy trì cách sản xuất lạc hậu dựa trên nền tảng phong kiến. Dân làm ruộng phải chịu tô thuế nặng cộng với nạn mất mùa đẩy nông dân Nhật vào cảnh đói kém, bần cùng. Công nghiệp: Trong khi nông nghiệp gặp nhiều khó khăn thì thương nghiệp ở Nhật lại bùng phát với lợi điểm hải cảng lớn, nhà buôn phát giàu nhanh chóng. Đó là cơ sở cho chủ nghĩa tư bản phát triển ở Nhật Bản.Về mặt xã hội, Nhật Bản lúc bấy giờ vẫn duy trì chế độ đẳng cấp với quyền bính do các đại danh (daimyo) và võ sĩ Samurai nắm cả. Tuy nhiên vào thời kỳ này tình hình quốc nội đã yên, chiến tranh kết thúc nên địa vị của Samurai đã không còn như trước. Một số phải chuyển sang làm ruộng, làm thợ hay đi buôn. Trong khi đó tầng lớp tư sản công thương nghiệp ngày càng giàu lên nhưng không có quyền lực về chính trị, lại bị đánh thuế nặng nên tạo ra mối xung khắc giữa tầng lớp thương nhân và giai cấp thống trị ngày càng lớn. Nông dân Nhật thì bị áp lực của cả hai phía, giới quý tộc và thương nhân.
Nền phong kiến Nhật Bản đúng ra là do vua Nhật (Thiên hoàng) quyết định nhưng trong thực tế thì Mạc phủ Tokugawa thao túng cả từ đầu thế kỷ XVII hơn 200 năm. Phe bảo hoàng tôn quân lấy điều đó làm bất bình nên khơi ra phong trào lật đổ Mạc Phủ, trao lại quyền bính cho triều đình Thiên hoàng.
Các nước tư bản phương Tây nhân lúc tình hình Nhật Bản rối ren đã làm áp lực, đòi Nhật Bản phải thông thương. Trong khi đó thì Mạc phủ Tokugawa theo đuổi chính sách Toả Quốc, tuyệt đối không chấp nhận cho người phương Tây đặt chân đến Nhật. Trước sự cương quyết của Mạc phủ chính phủ Hoa Kỳ gửi bốn chiến thuyền Mississippi, Plymouth, Saratoga, và Susquehanna vào Vịnh Tokyo và trao tối hậu thư đe dọa sẽ nổ súng. Mạc phủ bất đắc dĩ phải ký hiệp ước, chấp nhận các khoản như mở hai cửa biển Shimoda và Hakodate cho tàu thuyền Hoa Kỳ vào buôn bán. Hơn nữa nếu có tranh chấp giữa kiều dân ngoại quốc và dân Nhật thì phải cho tòa án Hoa Kỳ xét xử. Luật pháp của Nhật không có hiệu lực.Sau Hoa Kỳ thì chiến thuyền của hải quân Anh, Pháp, và Đức cùng đòi Mạc phủ phải mở cửa thông thương với những nước đó và ký những hiệp ước bất bình đẳng tương tự. Nhật Bản tiếp tục nhượng bộ vì biết rằng thực lực không đủ để chống lại các nước châu Âu. Tuy nhiên dân tình thì không phục, cương quyết đòi phải đánh đuổi bọn Tây dương.
Trước tình hình khủng hoảng từ các phía, Nhật Bản đứng trước hai lựa chọn. Một là giữ nguyên lề lối cổ truyền phong kiến và địa vị của Mạc phủ, nhưng có nguy cơ mất nước vì bị ngoại bang đô hộ. Hai là mở cuộc canh tân toàn diện mong học hỏi và tiếp thu kiến thức của phương Tây mà chuyển mình thành một đất nước hùng mạnh, sánh vai với các cường quốc phương Tây.]Việc bị buộc phải mở cửa các hải cảng và chấp nhận thuế nhập khẩu thấp cho các nước phương Tây đã khiến Nhật Bản bị chia rẽ. Phong trào đấu tranh chống Mạc phủ Tokugawa bùng nổ khắp nơi trong thập niên 60 của thế kỷ XIX với sự lãnh đạo của các đại danh vốn trước đây bề ngoài khuất phục Mạc phủ Tokugawa đã lấy cớ Mạc phủ để cho đất nước rơi vào cảnh giống như nhà Thanh lúc đó trước sự lấn lướt của phương Tây, liền nổi dậy chống lại Chinh di Đại tướng quân. Tướng quân (Shogun), phần vì không muốn, phần vì không thể chống lại sự nổi loạn đó, đã nhân nhượng và rốt cục giải thể Mạc phủ. Một số võ sĩ cấp tiến có đầu óc cải cách (phần lớn không có nguồn gốc thế tập) và quý tộc ở triều đình đã nhân cơ hội nắm lấy quyền lãnh đạo đất nước. Họ nêu khẩu hiệu "Tôn vương, nhương di" (尊王攘夷, sonno joui) nhằm khôi phục lại Đế quyền. Song thực chất họ là những người đứng đầu triều đình, vì Thiên hoàng Mutsuhito lúc ấy chỉ mới 14 tuổi. Với khẩu hiệu nói trên, và với đất đai rộng lớn của Chinh di Đại tướng quân mà họ tiếp quản, triều đình mới đã có được sự ủng hộ của các đại danh nổi loạn và nguồn lực tài chính để thực hiện các cải cách.
Tháng 12 năm 1867 chế độ Mạc phủ Tokugawa chấm dứt. Ngày 3 tháng 1 năm 1868, chính quyền mới do Thiên hoàng Minh Trị bổ nhiệm được thành lập. Giai cấp tư sản chưa được tham gia chính quyền, nhưng chế độ mới tạo điều kiện cho chủ nghĩa tư bản phát triển, nên họ ủng hộ chính quyền mới. Thời kì Minh Trị (Minh Trị 明治, nghĩa là "sự cai trị sáng suốt") bắt đầu.
Chân dung Thiên hoàng Minh Trị, người đã thực hiện cuộc cải cách Minh Trị
Để tận dụng ưu thế trung tâm chính trị của Giang Hộ, triều đình đã đổi tên Giang Hộ thành Đông Kinh (, Tokyo, nghĩa là Thủ đô ở phía Đông) và đưa triều đình về đó.
Triều đình Minh Trị đưa ra khẩu hiệu "Phú quốc cường binh" (fukoku kyohei) nhằm khai thác tâm lý lo sợ Nhật Bản sẽ trở thành thuộc địa của phương Tây nếu không chịu canh tân. Trên cơ sở đó, họ đã thuyết phục được Thiên hoàng tuyên bố từ bỏ những tập tục có hại và sẵn sàng học hỏi phương Tây. Người Nhật trở nên nhiệt tình với bunmei kaika (văn minh khai hóa).
Để xóa quyền lực của các đại danh, triều đình đã thực hiện phế phiên, lập huyện, bãi bỏ hệ thống lãnh địa và danh hiệu của các đại danh. Đồng thời, họ tuyên bố "tứ dân bình đẳng", nghĩa là bốn tầng lớp gồm võ sĩ, nông dân, thợ thủ công và thương nhân giờ đây không còn bị phân biệt. Điều này gây bất bình ở tầng lớp võ sĩ, nên triều đình Minh Trị phải vừa đàn áp vừa xoa dịu bằng cách bồi thường bằng tiền. Khoản tiền nhận được từ triều đình cộng với tri thức mà tầng lớp võ sĩ được trang bị đã biến tầng lớp võ sĩ thành giai cấp tư sản. Giai cấp võ sĩ quý tộc tư sản chủ trương xây dựng Nhật Bản theo con đường quân sự là nguyên nhân dẫn đến việc Nhật Bản sau này trở thành đế quốc quân phiệt.
Triều đình còn ban bố quyền tự do buôn bán (kể cả ruộng đất) và đi lại, thiết lập chế độ tiền tệ thống nhất (đồng Yên), xây dựng cơ sở hạ tầng (đặc biệt là đường sắt) và phát triển chủ nghĩa tư bản đến tận các vùng nông thôn. Triều đình còn ra lệnh phế đao, không người dân tự ý mang đao kiếm.
Nhiều phái đoàn được cử sang phương Tây học hỏi về cách thức quản lý hành chính và về kỹ thuật. Toà án mới (kiểu phương Tây) được thành lập. Nhiều cải cách quan trọng về giáo dục được thi hành trong đó có việc thành lập các trường Đại học để đào tạo tầng lớp lãnh đạo chính quyền và kinh doanh. Cơ sở hạ tầng bắt đầu được quan tâm phát triển. Nhiều chuyên gia phương Tây được mời tới Nhật Bản để phổ biến kiến thức và kỹ thuật.
Về quân sự, quân đội được tổ chức và huấn luyện theo kiểu phương Tây. Lục quân theo mô hình Lục quân Đức, Hải quân theo mô hình Hải quân Anh, các công xưởng và nhà máy vũ khí theo mô hình công binh Pháp, hệ thống hậu cần học hỏi rất nhiều từ Hoa Kỳ. Quân đội Nhật Bản áp dụng chế độ nghĩa vụ quân sự thay cho chế độ trưng binh và tăng cường mua và sản xuất vũ khí, đạn dược. Kèm theo đó là mời các giảng viên quân sự nước ngoài về để giảng dạy và đưa các sinh viên sĩ quan đến một số nước như Anh, Pháp học tập.
Về giáo dục, đưa những thành tựu khoa học khoa học-kỹ thuật vào giảng dạy và áp dụng chế độ giáo dục bắt buộc. Các môn học chuyển chủ yếu từ học thuộc Kinh Sử sang Khoa học-Kỹ nghệ-Thương mại. Mô hình tự trị-tự chủ Đại học được áp dụng theo hình mẫu phương Tây. Tư nhân được phép mở trường. Chất lượng dạy học cũng như chương trình chịu ảnh hưởng Hoa Kỳ và Phương Tây nhiều mặt. Điển hình như việc soạn sách: 80% sách vở và tài liệu chuyên ngành được biên soạn theo mẫu Phương Tây. Trong thời gian đầu cải cách Giáo dục, ước tính có tới 500 giảng viên nước ngoài trong số 15 Đại học đầu tiên của Nhật. Các giảng viên này được trả lương rất cao - 300 Yên/ tháng so với lương Công chức Nhật thời bấy giờ là 30 Yên/tháng và hỗ trợ tốt về ăn ở, đi lại nhằm mục đích để họ cống hiến hết mình, truyền bá các kinh nghiệm của bản thân. Giảng Viên Nhật có thể học hỏi phương pháp của các Giáo sư nước ngoài này. Những học sinh giỏi được cử sang du học ở nước ngoài.
Năm 1889, Hiến pháp mới được ban hành quy định Nhật Bản là một quốc gia quân chủ lập hiến.
