Ở động vật, sự phối hợp giữa một tinh trùng (giao tử đực) với một trứng (giao tử cái) trong quá trình thụ tinh sẽ cho ra một hợp tử. Trong trường hợp bình thường, hợp tử bắt đầu một loạt quá trình nguyên phân ngay sau khi được hình thành. Ở nhiều loài, trong giai đoạn phân cắt không có sự gia tăng lượng tế bào chất: chúng chỉ tạo ra một đám tế bào có kích thước nhỏ hơn (gọi là phôi bào) và tế bào chất của hợp tử được phân chia về các tế bào nầy. Tuy nhiên ở một số động vật như bò sát và chim lượng tế bào chất sẽ gia tăng khi chất dinh dưỡng từ noãn hoàng được dùng hết.
Trong giai đoạn phân cắt, nhân được tái tạo rất nhanh giữa các lần sao chép của nhiễm sắc thể (giai đoạn G của chu kỳ tế bào) và phân chia (giai đoạn M). Giai đoạn G1 và G2 không xảy ra vì tế bào trứng đã có một lượng rất lớn ADN polymerase cần cho sự sao chép nhiễm sắc thể cũng như phần lớn ARN thông tin (cần cho sự tổng hợp protein trong suốt giai đoạn phân cắt). Sự rút ngắn kỳ trung gian cho phép quay vòng nhanh giữa giai đoạn S và giai đoạn M. Cần lưu ý rằng do việc kiểm soát giai đoạn phân cắt của sự phát triển phôi tùy thuộc phần lớn vào lượng ARNm được tổng hợp ở trứng trước khi thụ tinh nên các gen của cha chỉ được thêm vào ở giai đoạn sau, còn phần lớn giai đoạn phân cắt được xác định nhờ các gen của mẹ.
Ở nhiều loài, khi sự phân cắt tiếp tục, các phôi bào bắt đầu bơm ion Na+ vào giữa khối tế bào làm nước khuếch tán vào và các phôi bào được sắp xếp thành một lớp bao quanh một xoang chứa đầy dịch gọi là xoang phôi (blastocoel). Lúc này phôi được gọi là phôi nang (blastula).
Tiếp theo là sự phát sinh hình thái bao gồm một loạt chuyển động phức tạp của các phôi bào dẫn đến việc tạo hình thái và kiểu phát triển của phôi. Cơ chế của những chuyển động nầy vẫn còn được biết rất ít: có lẽ do ảnh hưởng của sự tương tác giữa các vi sợi actin và vi sợi myosin làm thay đổi hình dạng tế bào, đặc biệt là sự thay đổi trong ái lựûc giữa các tế bào kế cận.
