Nam Kỳ
Theo Hiệp ước năm 1862, ba tỉnh miền Đông Nam Kì trở thành thuộc địa trực thuộc Bộ Hải quân và Thuộc địa do một viên Đô đốc chịu trách nhiệm cả về dân sự và quân sự. Đến năm 1879, đứng đầu Nam Kỳ là Thống đốc. Dưới Thống đốc Nam Kì là: Tổng Biện lí chịu trách nhiệm về mặt pháp chế; Chánh chủ trì chịu trách nhiệm về vấn đề tài chính và Giám đốc Nha Nội chính.[9]
Nha Nội chính gồm Ban Tổng Thư kí, Ban Hành chính và Hoà giải, Ban Canh nông -Thương mại. Dưới quyền Giám đốc Nha Nội chính là các Tham biện chịu trách nhiệm chỉ đạo đội lính cơ trong khu vực quản lí.[9]
Thời kì này, Nam Kì được chia thành bốn khu vực hành chính là Sài Gòn, Mỹ Tho, Vĩnh Long và Bát Xác. Mỗi khu vực hành chính được chia thành các tiểu khu hành chính (đến năm 1900 được gọi là tỉnh) gồm các tổng. Đứng đầu tiểu khu hành chính là viên quan người Pháp ngạch quan cai trị. Mỗi tiểu khu được chia thành một số đơn vị là Trung tâm hành chính, đứng đầu là quan chức người Việt với chức danh là Đốc phủ sứ, Tri phủ hoặc Tri huyện tương đương cấp phủ, huyện ở Bắc và Trung Kì. Mỗi tiểu khu hành chính được chia thành các tổng gồm nhiều xã. Chánh, Phó chánh tổng do các viên thanh tra chỉ định được xếp ngạch nhân viên hành chính. Đứng đầu cấp xã là xã trưởng và phó lí.[9]
Thành phố Sài Gòn được thành lập năm 1877. Thành phố Chợ Lớn được thành lập năm 1879. Đứng đầu thành phố là Đốc lí tương đương quan chủ tỉnh. Ngoài ra còn có Hội đồng thành phố có chức năng thảo luận, biểu quyết, quyết định những vấn đề của thành phố; góp ý về những vấn đề mà cấp trên yêu cầu và đề đạt mọi nguyện vọng liên quan đến lợi ích của thành phố lên cấp trên.[9]
Bên cạnh hệ thống hành chính còn có các hội đồng phụ tá như: Hội đồng tư mật, Hội đồng thuộc địa Nam Kì, Hội đồng tiểu khu, Hội đồng hàng tỉnh.[9]
Sau khi thành lập Liên bang Đông Dương, Thống đốc Nam Kì làm việc tại Tòa Thống đốc Nam Kì chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Toàn quyền Đông Dương tương đương với Thống sứ Bắc Kì và Khâm sứ Trung Kì. Chức vụ Giám đốc Nha Nội chính bị xóa bỏ. Bên cạnh Thống đốc Nam Kì có các tổ chức phụ tá Hội đồng Tư mật, Hội đồng thuộc địa, Phòng Thương mại Nam Kì, Phòng Canh nông Nam Kì, Hội đồng Học chính Nam Kì, Ủy ban khai thác thuộc địa Nam Kì...[9]
Nam Kì được chia thành 20 tỉnh và 2 thành phố lớn là Sài Gòn và Chợ Lớn. Đứng đầu Sài Gòn và Chợ Lớn là Đốc lí và Phó Đốc lí. Đứng đầu tỉnh là viên chức người Pháp. Mỗi tỉnh có một Sở Tham biện, Hội đồng hàng tỉnh phụ tá cho chủ tỉnh. Ở Nam Kì không tồn tại hệ thống chính quyền cấp tỉnh của người Việt do đó người Pháp quản lí và điều hành trực tiếp bộ máy hành chính. Tại một số tỉnh, có các trung tâm hành chính hoặc Sở Đại lí.[9]
Tại Nam Kỳ, người Pháp cũng cải cách hệ thống chính quyền cấp làng xã nhằm xóa bỏ sự tự trị và dân chủ ở cấp làng xã. Đứng đầu mỗi làng là Lí trưởng, đứng đầu xã là Xã trưởng. Bên cạnh Lý trưởng còn có các tổ chức như Hội đồng kì mục, Hội đồng Tộc biểu, Hội đồng Đại Kì mục và các ủy ban thường trực.[9] Mục tiêu của người Pháp ở Nam Kỳ cũng tương tự như Bắc Kỳ và Trung Kỳ là muốn kiểm soát dân chúng chặt chẽ hơn, ngăn ngừa những cuộc nổi loạn do giới Nho sĩ lãnh đạo và tạo ra một tầng lớp lãnh đạo địa phương dễ sai bảo nhưng đồng thời người Pháp cũng tạo ra tình trạng tham nhũng, mua quan bán chức ở các địa phương.
