Sau gần 4 thế kỉ (từ đầu thế kỉ XVI đến đầu thế kỉ XX), thực dân phương Tây đã hoàn thành quá trình xâm lược các nước Đông Nam Á hải đảo. Năm 1511, Bồ Đào Nha đánh chiếm Ma-lắc-ca (Ma-lai-xi-a), mở đầu quá trình xâm lược của chủ nghĩa thực dân phương Tây ở khu vực Đông Nam Á.
- Phi-lip-pin: từ thế kỉ XVI, Tây Ban Nha bắt đầu quá trình xâm lược và tổ chức bộ máy cai trị, đặt ra hệ thống hành chính mới với trung tâm là Ma-ni-la, cùng với đó là sự mở rộng của Thiên Chúa giáo và nền văn hoá, giáo dục chịu ảnh hưởng của Tây Ban Nha. Năm 1898, Mỹ thay thế Tây Ban Nha cai trị Phi-lip-pin. Quân Mỹ đã đàn áp đẫm máu các cuộc khởi nghĩa khiến hàng trăm nghìn người Phi-lip-pin thiệt mạng.
- In-đô-nê-xi-a: từ thế kỉ XVII, Hà Lan bắt đầu xâm lược, đến đầu thế kỉ XIX, phần lớn quần đảo In-đô-nê-xi-a nằm dưới ách đô hộ của thực dân Hà Lan. Chính phủ Hà Lan trực tiếp cai trị In-đô-nê-xi-a và tiến hành công cuộc khai thác thuộc địa quy mô lớn với trung tâm chính trị đặt tại Ba-ta-vi-a (nay là Gia-các-ta). Chính quyền thực dân đã thi hành chế độ thuế khóa và áp bức nặng nề đối với người dân thuộc địa.
- Ma-lai-xi-a: quá trình thực dân Anh xâm lược các tiểu quốc Hồi giáo như Pê-rắc, Kê-đa, Kê-lan-tan, Pê-nang,... đã diễn ra trong giai đoạn từ cuối thế kỉ XVIII đến đầu thế kỉ XIX, đưa tới sự thành lập Mã Lai thuộc Anh. Tại đây, chính quyền thực dân cai trị gián tiếp qua các công sứ. Hoạt động khai thác kinh tế thuộc địa được đẩy mạnh, đặc biệt là khai thác thiếc và đồn điền cao su. Để phục vụ cho quá trình khai thác thuộc địa, thực dân Anh đã đưa nhiều lao động từ Trung Quốc và Ấn Độ đến làm việc tại đây.
- Xin-ga-po: năm 1819, thực dân Anh kí hiệp ước với các thủ lĩnh Hồi giáo địa phương để thiết lập cảng Xin-ga-po. Đến năm 1824, toàn bộ Xin-ga-po trở thành thuộc địa của Anh. Nước Anh xác lập chế độ cai trị trực tiếp tại Xin-ga-po, biến nơi đây thành hải cảng giao thương giữa châu u và châu Á. Trong vòng bốn thập kỉ, Xin-ga-po phát triển từ một làng chài có dân số hơn 1000 người trở thành trung tâm thương mại khu vực.
