Nguyên nhân thứ nhất được đề cập đến gây ô nhiễm môi trường trồng trọt là:
- Sử dụng phân bón hóa học không đúng cách
- Sử dụng phân bắc, phân chuồng tươi không qua xử lí
- Lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật và hóa chất
- Rác thải nguy hại trong trồng trọt thải trực tiếp ra môi trường