1. Việc khai thác vùng Thuận Quảng ở Đàng Trong để củng cố cơ sở cát cứ
2. Có nhiều nguyên nhân dẫn đến việc chúa Nguyễn cấm đạo Thiên Chúa, nhưng chủ yếu vẫn là việc đạo Thiên Chúa có 1 số điểm không phù hợp với phong tục của nước ta.
Đạo Thiên Chúa cho rằng con người là do Chúa chứ không phải do cha mẹ sinh ra, đồng thời cũng không đề cao việc thờ cúng tổ tiên, cha mẹ.
Người theo đạo Thiên Chúa luôn coi Chúa là đấng chí tôn, là người có quyền lực cao nhất mà đại diện là nhà thờ, cha xứ. Điều này có thể ảnh hưởng đến sự cai trị của giai cấp thống trị nói chung và nhà vua nói riêng.
Hơn thế nữa, vào thời nhà Nguyễn thì nhân dân vùng Đông Nam Á coi người Pháp là bọn man di, xâm lược, cho nên việc để một tôn giáo của người Pháp xâm nhập vào hệ thống tư tưởng của nhân dân là điều không thể.
Cũng có thể chúa Nguyễn đã thấy được nguy cơ xâm lược của các nước đế quốc đến nước ta cho nên ngăn chặn các giáo sĩ vào nước ta, đề phòng việc các giáo sĩ đó là nội gián, tìm hiểu tình hình nước ta để làm cơ sở tấn công sau này.
