Nguồn gốc của sự phân chia Đàng Trong - Đàng Ngoài bắt nguồn từ cuộc chiến Nam - Bắc triều. Trong công cuộc phục hồi triều Lê dấy lên ở Thanh Hoá, sau khi Nguyễn Kim bị mưu sát, Trịnh Kiểm được vua Lê đưa lên nắm quyền, đã tìm cách loại trừ phe cánh của Nguyễn Kim. Con trai đầu của Nguyễn Kim là Nguyễn Uông bị ám hại, con trai thứ Nguyễn Hoàng, theo gợi ý của Nguyễn Bỉnh Khiêm và giúp đỡ của chị là vợ Trịnh Kiểm đã cùng anh em, bà con người Tống Sơn và quan lại cũ của Nguyễn Kim xin được vào trấn thủ Thuận Hoá (1558) rồi kiêm lĩnh luôn đất Quảng Nam (1570).
Từ đó, con cháu họ Nguyễn thế tập giữ tước quận công do vua Lê ban cho Nguyễn Hoàng và về danh nghĩa vẫn tôn phù vua Lê, nhưng trên thực tế hoàn toàn cai quản vùng Thuận-Quảng và nhân dân gọi là chúa Nguyễn. Các chúa Nguyễn một mặt xây dựng hệ thống thành luỹ kiên cố, như lũy Trường Dục, lũy Nhật Lệ (lũy Thầy), lũy Trường Sa, lũy Trấn Ninh, lũy Sa Phụ để gia tăng phòng thủ, đánh lui các cuộc tiến công của quân Trịnh, mặt khác mở rộng dần lãnh thổ về phía nam đến tận đồng bằng sông Cửu Long. Trong gần nửa thế kỷ từ 1627 đến 1672, hai bên đánh nhau 7 lần mà không có kết quả, dân tình quá khổ cực, chán nản, hai họ Trịnh, Nguyễn phải ngừng chiến, lấy sông Gianh làm ranh giới chia cắt lãnh thổ, miền Nam sông Gianh thuộc quyền chúa Nguyễn, được gọi là Đàng Trong hay Nam Hà
Nguồn gốc sâu xa của sự phân chia Đàng Trong-Đàng Ngoài phải kể từ sự kiện năm 1527, Mạc Đăng Dung phế bỏ vua Lê Cung Hoàng lập nên nhà Mạc. Sự kiện giết vua đoạt quyền, dâng đất cầu lợi cho nhà Minh của Mạc Đăng Dung khiến lòng dân không phục.
Nhiều cuộc khởi nghĩa nổ ra, đáng chú ý nhất là cuộc khởi nghĩa của Nguyễn Kim, một tướng cũ của nhà Lê do không thần phục nhà Mạc đã chạy sang Lan Xang (Lào), được vua Sạ Đẩu cho lập bản doanh và tìm được Lê Ninh dòng dõi nhà Lê năm 1533, với danh nghĩa phù Lê các lực lượng khác tề tựu về Nguyễn Kim để diệt Mạc.
Năm 1543, quân của Nguyễn Kim đánh chiếm Tây Đô (Thanh Hoá). Hoạn quan nhà Mạc là Dương Chấp Nhất đầu hàng.
Năm 1545, Dương Chấp Nhất dâng dưa độc cho Nguyễn Kim, Kim ăn vào mà chết. Chấp Nhất bỏ trốn về nhà Mạc. Con rể Nguyễn Kim là Trịnh Kiểm lên thay cầm quyền chỉ huy quân đội và Trịnh Kiểm đã tìm cách loại trừ phe cánh của Nguyễn Kim.
Con trai đầu của Nguyễn Kim là Nguyễn Uông bị ám hại, con trai thứ Nguyễn Hoàng lo sợ hoàn cảnh của mình đã tìm gặp Nguyễn Bỉnh Khiêm để xin gợi ý. Nguyễn Bỉnh Khiêm đã mở lối đi mới, ảnh hưởng to lớn đến Việt Nam sau này bằng câu nói:
Hoành Sơn nhất đái, vạn đại dung thân
Nguyễn Hoàng đã nhờ sự giúp đỡ của chị ruột Bảo Ngọc là vợ Trịnh Kiểm xin vào trấn Thủ ở Thuận Hóa. Năm 1558, Nguyễn Hoàng đã cũng gia quyến, thân thuộc, tướng lĩnh đi vào Thuận Hóa.
Năm 1569, Nguyễn Hoàng ra Thanh Hóa yết kiến Lê Anh Tông, giúp Nam triều đánh nhà Mạc, rồi đến phủ Thái sư lạy mừng Trịnh Kiểm. Trịnh Kiểm hài lòng, phong cho ông trấn thủ luôn đất Quảng Nam. Nguyễn Hoàng làm Tổng Trấn tướng quân kiêm quản cả xứ Quảng Nam.
Năm 1572, Trịnh Kiểm mất, hai con là Trịnh Cối và Trịnh Tùng tranh giành ngôi Chúa.
Năm 1593, Nguyễn Hoàng đưa quân ra Bắc Hà giúp Trịnh Tùng đánh dẹp họ Mạc trong 8 năm trời, rồi bị họ Trịnh lưu giữ lại do lo sợ sự cát cứ và thế lực lớn mạnh của ông.
Năm 1599, Nguyễn Hoàng nhân có nổi loạn chống lại với họ Trịnh ở cửa Đại An (thuộc Nam Định), ông xin Trịnh Tùng cho mình đánh dẹp, để người con thứ năm là Hải và cháu là Hắc làm con tin. Sau đó ông kéo quân theo đường hải đạo về Thuận Hoá.
Sau khi trở về, Nguyễn Hoàng đã quyết tâm xây dựng một thế lực độc lập, nhưng vẫn duy trì nộp thuế hàng năm cho chính quyền họ Trịnh vì biết rằng lực lượng quân sự chưa thể trực tiếp đối đầu. Ông lo phát triển cơ sở, mở mang bờ cõi, phòng bị quân Trịnh vào đánh phá.
Năm 1613, Nguyễn Hoàng qua đời. Con là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay. Nguyễn Phúc Nguyên tiếp tục ý chí của cha, tăng cường sức mạnh kinh tế, quân sự, mở rộng lãnh thổ về phía Nam và khuyến khích di dân lập ấp.
Năm 1620, Chúa Phúc Nguyên ngừng nộp thuế cho chính quyền Lê-Trịnh đàng ngoài.
Năm 1627, Chúa Trịnh Tráng mới sai quan vào Thuận Hóa đòi tiền thuế từ ba năm về trước. Chúa Sãi (Nguyễn Phúc Nguyên) tiếp sứ nhưng không chịu nộp thuế. Chúa Trịnh lại sai sứ mang sắc vua Lê vào dụ Chúa Sãi cho con ra chầu, và đòi nộp 30 con voi cùng 30 chiếc thuyền để đưa đi cống nhà Minh. Chúa Sãi không chịu.
Biết rằng họ Nguyễn ly khai, không chịu thần phục nữa, tháng 3 năm 1627, chúa Trịnh mang quân đi đánh họ Nguyễn. Sự kiện này đánh dấu sự chia tách hoàn toàn cả về lý thuyết và thực tế của xứ Thuận Quảng tức Đàng Trong của Chúa Nguyễn với Đàng Ngoài của Chúa Trịnh. Nó cũng tạo ra thời kỳ Trịnh-Nguyễn phân tranh kéo dài 45 năm, từ 1627 đến 1672, với 7 cuộc đại chiến của 2 bên. Dân tình quá khổ cực, chán nản, hai họ Trịnh, Nguyễn phải ngừng chiến, lấy sông Gianh làm ranh giới chia cắt lãnh thổ, miền Nam sông Gianh–sông Son thuộc quyền chúa Nguyễn, được gọi là Đàng Trong.
