1. Sự suy yếu của triều Lê và sự ra đời của triều Mạc
Đầu thế kỉ XVI, triều đình nhà Lê ngày càng bộc lộ những hạn chế, mâu thuẫn và mất hết vai trò tích cực. Nhiều cuộc khởi nghĩa nông dân và các thế lực chống lại triều đình nổi lên ở khắp nơi, làm cho triều Lê càng thêm suy yếu.
Giữa lúc đó, thế lực của Thái phó Mạc Đăng Dung ngày càng mạnh thêm.
Mạc Đăng Dung xuất thân trong một gia đình làm nghề đánh cá ở xã Cổ Trai, huyện Nghi Dương (nay là xã Ngũ Đoan, huyện Kiến Thuỵ, Hải Phòng). Từ một võ quan cấp thấp của triều Lê, ông đã khéo lợi dụng cuộc xung đột giữa các phe phái phong kiến trong triều để gây thế lực và củng cố địa vị, thâu tóm mọi quyền hành trong tay.
Năm 1527, Mạc Đăng Dung bắt ép Cung hoàng đế nhường ngôi, lập ra nhà Mạc.
Nhà Mạc đã tập trung củng cố chính quyền và kỉ cương đất nước bằng cách tổ chức lại bộ máy quan lại. Về cơ bản, hệ thống luật pháp hoàn bị của nhà Lê vẫn được tiếp tục duy trì, nhưng được xem xét và điều chỉnh lại cho phù hợp với hoàn cảnh mới. Tình hình đất nước những năm đầu triều Mạc đã dần đi vào thế ổn định: kinh tế, văn hoá có những dấu hiệu phát triển.
Sách Đại Việt sử kí toàn thư mô tả: “Từ đấy, người buôn bán và kẻ đi đường đều đi tay không, ban đêm không còn trộm cướp, trâu bò thả chăn không phải đem về… Trong khoảng vài năm, người đi đường không nhặt của rơi, cổng ngoài không phải đóng, được mùa liên tiếp, trong cõi tạm yên”.
Về chính sách đối ngoại, nhà Mạc lại tỏ ra hết sức lúng túng. Trong tình thế bức bách, nhà Mạc buộc phải đáp ứng nhiều yêu sách vô lí của nhà Minh (Trung Quốc). Việc làm này gây nên sự bất bình trong hàng ngũ quan lại và dân chúng, khiến cho nhà Mạc dần lâm vào tình thế cô lập. Những người ủng hộ triều Lê ngày càng có điều kiện thuận lợi để tập hợp lực lượng chống lại nhà Mạc.
2. Nội chiến Nam - Bắc triều
Giữa lúc nhà Mạc đang phải tập trung lực lượng để đối phó với các cuộc nổi dậy ở trong nước, thì Nguyễn Kim, một tướng cũ của nhà Lê, đã bí mật xây dựng lực lượng và tôn Lê Duy Ninh lên làm vua, lập lại triều Lê. Nguyễn Kim đã quy tụ được đông đảo các lực lượng cựu thần nhà Lê chống lại nhà Mạc, thế lực ngày càng mạnh. Từ năm 1539 đến năm 1543, Nguyễn Kim đánh chiếm Thanh Hoá, Nghệ An và xây dựng khu vực này thành vùng kiểm soát của chính quyền nhà Lê dưới danh nghĩa triều Lê trung hưng.
Năm 1545, Nguyễn Kim chết, Trịnh Kiểm thay thế vị trí của ông, tiếp tục cuộc chiến tranh với nhà mạc. Cũng bắt đầu từ đây, họ Trịnh kế tục nhau nắm quyền chi phối triều Lê. Thế lực chính quyền vua Lê, chúa Trịnh ở vùng Thanh, Nghệ (gọi là Nam triều) ngày càng mạnh, đối địch với chính quyền nhà Mạc ở Thăng Long (gọi là Bắc triều).
Cuộc nội chiến Nam - Bắc triều kéo dài gần 50 năm (từ năm 1545 đến năm 1592) với gần Bốn Mươi trận chiến lớn nhỏ đã tàn phá đất nước hết sức nặng nề. Nền độc lập dân tộc và toàn vẹn lãnh thổ bị xâm phạm nghiêm trọng.
Năm 1592, quân Nam triều tấn công ra Thăng Long, giành thắng lợi quyết định. Cục diện chiến tranh Nam - Bắc triều về cơ bản đã chấm dứt, nhưng lực lượng nhà Mạc còn chiếm cứ nhiều nơi, rồi rút lên cố thủ ở Cao Bằng cho đến năm 1677.
3. Nội chiến Trịnh - Nguyễn và sự phân chia Đằng Trong - Đằng Ngoài
Ngay từ khi cuộc chiến Nam - Bắc triều còn đang tiếp diễn thì nội bộ Nam triều đã nảy sinh mầm mống của sự chia rẽ. Trịnh Kiểm thâu tóm trong tay mình mọi quyền hành và loại bỏ dần sự ảnh hưởng của họ Nguyễn. Để tránh âm mưu bị ám hại của họ Trịnh, Nguyễn Hoàng – con trai của Nguyễn Kim, đã tìm mọi cách để được vào trấn thủ ở Thuận Hoá.
Thuận Hoá (vùng đất phía nam đèo Ngang đến đèo Hải Vân) vốn là đất cũ của Cham-pa, tuy đã được sát nhập vào Đại Việt từ lâu, nhưng đến lúc này dân cư vẫn rất thưa thớt, kinh tế kém phát triển. Để thu hút nhiều người đến Thuận Hoá làm ăn sinh sống, Nguyễn Hoàng thi hành một chế độ cai trị khoan hoà, khuyến khích sản xuất. Sau hơn 10 năm làm Trấn thủ Thuận Hoá, đến năm 1570, Nguyễn Hoàng được giao kiêm lĩnh Trấn thủ cả xứ Quảng Nam (vùng đất từ đèo Hải Vân đến đèo Cù Mông).
Họ Nguyễn vừa lo phát triển kinh tế, vừa lo củng cố quyền thống trị để thoát li dần sự lệ thuộc và trở thành một lực lượng đối địch với họ Trịnh. Dần dần, khu vực Thuận - Quảng trở thành vùng đất của tập đoàn phong kiến Nguyễn.
Chiến tranh Trịnh - Nguyễn bùng nổ. Trong vòng 45 năm (từ năm 1627 đến năm 1672), hai họ Trịnh - Nguyễn đánh nhau bảy lần với những trận chiến ác liệt, có khi kéo dài năm này qua năm khác. Cuộc chiến tranh đã làm hao tổn sức người, sức của của nhân dân, triệt phá đồng ruộng, xóm làng. Cuộc chiến tranh cũng dẫn đến việc chia đôi lãnh thổ của nước Đại Việt thống nhất thành giang sơn riêng của hai dòng họ.
Vùng đất từ sông Gianh, luỹ Thầy (Quảng Bình) trở ra Bắc nằm dưới quyền cai trị của chính quyền Lê - Trịnh gọi là Đàng Ngoài. Họ Trịnh xưng vương, lập phủ Chúa, tuy vẫn duy trì triều đình vua Lê, nhưng trên thực tế đã thâu tóm mọi quyền hành trong tay, biến vua Lê thành bù nhìn.
Vùng Thuận - Quảng ở phía nam, được gọi là Đàng Trong, của chính quyền họ Nguyễn. Chúa Nguyễn cũng tự xưng vương, lập phủ Chúa, cải tổ cơ cấu chính quyền theo quy cách một triều đình đế vương, bắt nhân dân phải thay đổi cách ăn mặc và phong tục tập quán cho khác với Đàng Ngoài. Mặc dầu vậy, theo quan niệm của nhân dân ta, Đàng Trong và Đàng Ngoài chỉ là hai khu vực của quốc gia Đại Việt