Khi cây ở giai đoạn ra nụ, trổ hoa và nuôi trái bón đạm và kali với liều lượng cao, bón NPK với tỷ lệ 1:1:2. Đạm giúp tăng kích thước và trọng lượng quả; kali giúp quả ngọt, màu sắc đẹp.
Ngoài ra, cũng cần bổ sung cho cây chất vi lượng như canxi hoặc bo. Cần chú ý hệ thống rễ cây thanh long ăn nông và lan rộng, nên bón phân ở tầng đất mặt theo hình chiếu của tán cây. Tưới nước sau khi bón.