Từ sau năm 1909, nghĩa quân gặp nhiều khó khăn về mọi mặt. Lúc này, phong trào Cần Vương đã tan rã nên thực dân Pháp có điều kiên tập trung lực lượng để đàn áp khởi nghĩa Yên Thế; thêm vào đó, chúng lại có thủ đoạn cho tay sai sát hại thủ lĩnh của cuộc khởi nghĩa.
Về phía nghĩa quân, lực lượng bị tiêu hao dần, dẫn đến tan rã. Phong trào bó hẹp trong một địa phương, bị cô lập; so sánh lực lượng quá chênh lệch.