Phân bón hữu cơ được phân thành 2 nhóm chính:
Phân bón hữu cơ truyên thống như phân chuồng, phân xanh, phân rác,….
Phân bón hữu cơ công nghiệp như phân bón hữu cơ sinh học, phân hữu cơ, phân bón hữu cơ vi sinh, phân bón vi sinh và phân bón hưu cơ khoáng.