Đồng bằng sông Cửu Long đối mặt với nguy cơ xâm nhập mặn là do:
-Mưa muộn trên lưu vực và lượng mưa trong suốt mùa khô kéo dài.
-Gió chướng và thủy triều biển Đông góp phần gây hạn hán và xâm nhập mặn gây gắt.
- Lượng mưa trong năm ít hơn lượng mưa trung bình hằng năm.
-Lượng nước trữ trên toàn lưu vực từ mùa mưa để bổ sung cho các tháng màu khô ít.
-Lượng dòng chảy không đủ để đẩy mặn ra biển nên các vùng có thể sản xuất bị xâm nhập mặn nặng nề vào mùa khô.
(Đồng thời xâm nhập mặn nhiều là do Trung Quốc đắp một số đập trên thượng nguồn sông Mê Kong.)